Edit ROI with Caiman and LCCD

[quanpython]

No description provided.

[ReiHashimoto]

• ROIのMerge, Deleteの際にもdisableになっているアクションのリンクのopacityを変更するstyleを追加しました

[ReiHashimoto]

確認事項概要

• CaImAn, LCCDそれぞれについてROIの編集(add, merge, delete)に対応している
• add、mergeされたROIはindexが末尾に追加される

検証

実行環境

• MacOS 13.3.1, Apple M2
• バックエンドはpython main.py、フロントエンドはyarn startで起動し、3000番ポートでブラウザから利用

作業内容

• 以下のワークフローでcaiman_cnmfとlccdを実行
  

• caiman_cnmf、lccdのcell_roisそれぞれに対して、add, merge, delete処理を実行

• RECORDタブを開きRELOADボタン押下後にcaiman_cnmf, lccdのnwbファイルを取得

結果

以下の通り、概要の要件が満たされていることを確認

図は左からcaiman_cnmf, lccd

• 00_ROI編集前
  

• 01_Add
  

• 02_Merge
  

• 03_Delete
  

• nwbファイルは添付不可のため以下ドライブに保存

  • https://drive.google.com/drive/folders/14ZN9nwIR0XXgjlrmUMKlBSVgKB0anTC6

[emuemuJP]

@ReiHashimoto HDFView: https://www.hdfgroup.org/downloads/hdfview/?1682476202
を使ってNWBファイルの中にadd roi, delete roi, merge roiしたIDが保存されているか、確認できますか？

[emuemuJP]

こちらにOptinistにより作成されるNWBの構造が書かれています。まだ書きかけですが。
https://github.com/oist/optinist/blob/develop-main/docs/utils/nwb_file.md

[ReiHashimoto]

@emuemuJP

@ReiHashimoto HDFView: https://www.hdfgroup.org/downloads/hdfview/?1682476202 を使ってNWBファイルの中にadd roi, delete roi, merge roiしたIDが保存されているか、確認できますか？

図のようにデータが格納されていることを確認しました。
add, deleteは操作対象のidと一致しており、
mergeはmerge後のid, mergeされたid, ... , -1.0の形式です。
mergeの-1.0は期待の挙動でしょうか？

[emuemuJP]

@ReiHashimoto はい、ちょっと仕様に書けてないですが、
merge後ID, merge前ID 1, ..., merge前ID N, -1.0 , merge後ID, merge前ID 1, ..., merge前ID N, -1.0 ,
の様な形でセパレータとして-1.0を入れています

[ReiHashimoto]

LGTM