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项目简介

Bioconductor是一个免费,开源,开放式发展的软件项目,用于分析由“湿实验”所得到的基因组数据。该项目最初基于R语言,目前也包含其他编程语言开发的软件。来自于Fred Hutchinson Cancer Research Center的核心团队于2001年开展该项目并管理运营至今。随着高通量测序技术的发展,多样的测序数据呈现快速增长的模式,越来越多的生物学家,统计学家开始了以测序数据为基础的研究,以期从基因,分子层面探究生命的奥秘。Bioconductor为他们提供了一个良好的平台,以便开发,部署新的研究方法。该项目对于生物信息领域的科研人员来讲,无疑是一个丰富的宝藏。 目前Bioconductor共发布1741个软件包(Release 3.9.),涉及方向包括:AssayDomain, BiologicalQuestion, Infrastructure, ResearchField, StatisticalMethod, Technology, WorkflowStep。 除了软件包外,Bioconductor有着非常严格的文档发布要求,而这些高质量的文档恰恰是生信初学者快速学习如何进行生物信息学分析的有效资源。Bioconductor不仅为生物信息研究人员提供了包括Workshop, Talk等各种形式的课程,还提供了生物信息学研究常用的分析流程文档(Workflow)。为了方便大家学习,打破语言壁垒,高效传播知识,Openbiox翻译小组建立Workflow翻译项目,对Bioconductor中的27个Workflow及其他优秀Workflow英文文档进行搬运与翻译工作。目前,该项目处于第一阶段,我们将对于以下Workflow进行翻译,校对,并发布于Openbiox平台。


第一期翻译列表及负责人

  • rnaseqGene:RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression(吴亮;李欣)

  • simpleSingleCell:A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-Seq data with Bioconductor (彭丹丹)

  • TCGAWorkflow:TCGA Workflow Analyze cancer genomics and epigenomics data using Bioconductor packages (陈晓宇,郑东旭)

  • systemPipeR: NGS workflow and report generation environment(场外成员)

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A R programming course from Coursera

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