Add in initial 3DVar aerosol DA cycling capability

Externals.cfg

@@ -50,7 +50,7 @@ protocol = git
 required = False
 
 [GDASApp]
-hash = 843d3a9
+hash = 289ffe0
 local_path = sorc/gdas.cd
 repo_url = https://github.com/NOAA-EMC/GDASApp.git
 protocol = git

jobs/JGDAS_GLOBAL_AERO_ANALYSIS_FINALIZE

@@ -0,0 +1,106 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+export STRICT="NO"
+source "${HOMEgfs}/ush/preamble.sh"
+
+##############################################
+# Enter temp directory
+##############################################
+export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${RUN}aeroanl_${cyc}}
+cd "${DATA}" || (echo "${DATA} does not exist. ABORT!"; exit 1)
+
+
+##############################################
+# Run setpdy and initialize PDY variables
+##############################################
+export cycle="t${cyc}z"
+setpdy.sh
+. ./PDY
+
+
+##############################################
+# Determine Job Output Name on System
+##############################################
+export pid=${pid:-$$}
+export pgmout="OUTPUT.${pid}"
+export pgmerr=errfile
+
+
+#############################
+# Source relevant config files
+#############################
+export EXPDIR=${EXPDIR:-${HOMEgfs}/parm/config}
+configs="base aeroanl aeroanlfinal"
+for config in ${configs}; do
+    . "${EXPDIR}/config.${config}"
+    status=$?
+    [[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+done
+
+
+##########################################
+# Source machine runtime environment
+##########################################
+. "${HOMEgfs}/env/${machine}.env" aeroanlfinal
+status=$?
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+
+
+##############################################
+# Set variables used in the script
+##############################################
+export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
+export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
+export COMPONENT="chem"
+
+
+##############################################
+# Begin JOB SPECIFIC work
+##############################################
+
+GDATE=$(date +%Y%m%d%H -d "${CDATE:0:8} ${CDATE:8:2} - ${assim_freq} hours")
+export GDATE
+gPDY=${GDATE:0:8}
+export gcyc=${GDATE:8:2}
+export GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}
+
+export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
+export GPREFIX="${GDUMP}.t${gcyc}z."
+export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
+export GSUFFIX=${GSUFFIX:-${SUFFIX}}
+export ASUFFIX=${ASUFFIX:-${SUFFIX}}
+
+export COMOUT=${COMOUT:-${ROTDIR}/${CDUMP}.${PDY}/${cyc}/${COMPONENT}}
+
+mkdir -p "${COMOUT}"
+
+# COMIN_GES and COMIN_GES_ENS are used in script
+export COMIN_GES="${ROTDIR}/${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
+export COMIN_GES_ENS="${ROTDIR}/enkf${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
+
+###############################################################
+# Run relevant script
+
+EXSCRIPT=${GDASAEROFINALPY:-${HOMEgfs}/scripts/exgdas_global_aero_analysis_finalize.py}
+${EXSCRIPT}
+status=$?
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+
+##############################################
+# End JOB SPECIFIC work
+##############################################
+
+##############################################
+# Final processing
+##############################################
+if [[ -e "${pgmout}" ]] ; then
+  cat "${pgmout}"
+fi
+
+##########################################
+# Remove the Temporary working directory
+##########################################
+cd "${DATAROOT}" || exit 1
+[[ ${KEEPDATA} = "NO" ]] && rm -rf "${DATA}"
+
+exit 0

jobs/JGDAS_GLOBAL_AERO_ANALYSIS_INITIALIZE

@@ -0,0 +1,102 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+export STRICT="NO"
+source "${HOMEgfs}/ush/preamble.sh"
+
+##############################################
+# Make temp directory
+##############################################
+export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${RUN}aeroanl_${cyc}}
+[[ -d "${DATA}" ]] && rm -rf "${DATA}"
+mkdir -p "${DATA}"
+cd "${DATA}" || (echo "${DATA} does not exist. ABORT!"; exit 1)
+
+
+##############################################
+# Run setpdy and initialize PDY variables
+##############################################
+export cycle="t${cyc}z"
+setpdy.sh
+. ./PDY
+
+
+##############################################
+# Determine Job Output Name on System
+##############################################
+export pid=${pid:-$$}
+export pgmout="OUTPUT.${pid}"
+export pgmerr=errfile
+
+
+#############################
+# Source relevant config files
+#############################
+export EXPDIR=${EXPDIR:-${HOMEgfs}/parm/config}
+configs="base aeroanl aeroanlinit"
+for config in ${configs}; do
+    . "${EXPDIR}/config.${config}"
+    status=$?
+    [[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+done
+
+
+##########################################
+# Source machine runtime environment
+##########################################
+. "${HOMEgfs}/env/${machine}.env" aeroanlinit
+status=$?
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+
+
+##############################################
+# Set variables used in the script
+##############################################
+export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
+export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
+export COMPONENT="chem"
+
+
+##############################################
+# Begin JOB SPECIFIC work
+##############################################
+
+GDATE=$(date +%Y%m%d%H -d "${CDATE:0:8} ${CDATE:8:2} - ${assim_freq} hours")
+export GDATE
+gPDY=${GDATE:0:8}
+export gcyc=${GDATE:8:2}
+export GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}
+
+export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
+export GPREFIX="${GDUMP}.t${gcyc}z."
+export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
+export GSUFFIX=${GSUFFIX:-${SUFFIX}}
+export ASUFFIX=${ASUFFIX:-${SUFFIX}}
+
+export COMOUT=${COMOUT:-${ROTDIR}/${CDUMP}.${PDY}/${cyc}/${COMPONENT}}
+
+mkdir -p "${COMOUT}"
+
+# COMIN_GES and COMIN_GES_ENS are used in script
+export COMIN_GES="${ROTDIR}/${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
+export COMIN_GES_ENS="${ROTDIR}/enkf${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
+
+###############################################################
+# Run relevant script
+
+EXSCRIPT=${GDASAEROINITPY:-${HOMEgfs}/scripts/exgdas_global_aero_analysis_initialize.py}
+${EXSCRIPT}
+status=$?
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+
+##############################################
+# End JOB SPECIFIC work
+##############################################
+
+##############################################
+# Final processing
+##############################################
+if [[ -e "${pgmout}" ]] ; then
+  cat "${pgmout}"
+fi
+
+exit 0

jobs/JGDAS_GLOBAL_AERO_ANALYSIS_RUN

@@ -0,0 +1,100 @@
+#! /usr/bin/env bash
+
+export STRICT="NO"
+source "${HOMEgfs}/ush/preamble.sh"
+
+##############################################
+# Enter temp directory
+##############################################
+export DATA=${DATA:-${DATAROOT}/${RUN}aeroanl_${cyc}}
+cd "${DATA}" || (echo "${DATA} does not exist. ABORT!"; exit 1)
+
+
+##############################################
+# Run setpdy and initialize PDY variables
+##############################################
+export cycle="t${cyc}z"
+setpdy.sh
+. ./PDY
+
+
+##############################################
+# Determine Job Output Name on System
+##############################################
+export pid=${pid:-$$}
+export pgmout="OUTPUT.${pid}"
+export pgmerr=errfile
+
+
+#############################
+# Source relevant config files
+#############################
+export EXPDIR=${EXPDIR:-${HOMEgfs}/parm/config}
+configs="base aeroanl aeroanlrun"
+for config in ${configs}; do
+    . "${EXPDIR}/config.${config}"
+    status=$?
+    [[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+done
+
+
+##########################################
+# Source machine runtime environment
+##########################################
+. "${HOMEgfs}/env/${machine}.env" aeroanlrun
+status=$?
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+
+
+##############################################
+# Set variables used in the script
+##############################################
+export CDATE=${CDATE:-${PDY}${cyc}}
+export CDUMP=${CDUMP:-${RUN:-"gfs"}}
+export COMPONENT="chem"
+
+
+##############################################
+# Begin JOB SPECIFIC work
+##############################################
+
+GDATE=$(date +%Y%m%d%H -d "${CDATE:0:8} ${CDATE:8:2} - ${assim_freq} hours")
+export GDATE
+gPDY=${GDATE:0:8}
+export gcyc=${GDATE:8:2}
+export GDUMP=${GDUMP:-"gdas"}
+
+export OPREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
+export GPREFIX="${GDUMP}.t${gcyc}z."
+export APREFIX="${CDUMP}.t${cyc}z."
+export GSUFFIX=${GSUFFIX:-${SUFFIX}}
+export ASUFFIX=${ASUFFIX:-${SUFFIX}}
+
+export COMOUT=${COMOUT:-${ROTDIR}/${CDUMP}.${PDY}/${cyc}/${COMPONENT}}
+
+mkdir -p "${COMOUT}"
+
+# COMIN_GES and COMIN_GES_ENS are used in script
+export COMIN_GES="${ROTDIR}/${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
+export COMIN_GES_ENS="${ROTDIR}/enkf${GDUMP}.${gPDY}/${gcyc}/${COMPONENT}"
+
+###############################################################
+# Run relevant script
+
+EXSCRIPT=${GDASAERORUNSH:-${HOMEgfs}/scripts/exgdas_global_aero_analysis_run.sh}
+${EXSCRIPT}
+status=$?
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
+
+##############################################
+# End JOB SPECIFIC work
+##############################################
+
+##############################################
+# Final processing
+##############################################
+if [[ -e "${pgmout}" ]] ; then
+  cat "${pgmout}"
+fi
+
+exit 0

jobs/rocoto/aeroanlfinal.sh

@@ -1,15 +1,22 @@
 #! /usr/bin/env bash
-
-source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+export STRICT="NO"
+source "${HOMEgfs}/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
-# Source FV3GFS workflow modules
-. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+# Source UFSDA workflow modules
+. "${HOMEgfs}/ush/load_ufsda_modules.sh"
 status=$?
-[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
 
+export STRICT="YES"
 export job="aeroanlfinal"
 export jobid="${job}.$$"
 
 ###############################################################
-echo "Do nothing for now"
+# setup python path for workflow utilities and tasks
+export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:${HOMEgfs}/ush/python:${HOMEgfs}/ush/python/pygw/src"
+###############################################################
+# Execute the JJOB
+"${HOMEgfs}/jobs/JGDAS_GLOBAL_AERO_ANALYSIS_FINALIZE"
+status=$?
+exit "${status}"

jobs/rocoto/aeroanlinit.sh

@@ -1,15 +1,22 @@
 #! /usr/bin/env bash
-
-source "$HOMEgfs/ush/preamble.sh"
+export STRICT="NO"
+source "${HOMEgfs}/ush/preamble.sh"
 
 ###############################################################
-# Source FV3GFS workflow modules
-. $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+# Source UFSDA workflow modules
+. "${HOMEgfs}/ush/load_ufsda_modules.sh"
 status=$?
-[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+[[ ${status} -ne 0 ]] && exit "${status}"
 
+export STRICT="YES"
 export job="aeroanlinit"
 export jobid="${job}.$$"
 
 ###############################################################
-echo "Do nothing for now"
+# setup python path for workflow utilities and tasks
+export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:${HOMEgfs}/ush/python:${HOMEgfs}/ush/python/pygw/src"
+###############################################################
+# Execute the JJOB
+"${HOMEgfs}/jobs/JGDAS_GLOBAL_AERO_ANALYSIS_INITIALIZE"
+status=$?
+exit "${status}"