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Interpretación de resultados

Comprobar Quality Control (Qc data)

Consultar el archivo "Quality Control Report" y comprobar, al menos, que:

  • Se han alineado más del 95% de las secuencias.
  • El FastQC tiene buena calidad completa o mayoritariamente.

PostprocessSV

Está en pruebas, se utilizan 3 programas para llamar SV (Gridss, Svaba y Manta) y no siempre las variantes reales son recogidas por más de uno (True).

Se recomienda comprobar manualmente todas aquellas variantes que vayan a salir reflejadas en el informe final.

PostprocessCNV

Para seleccionar las CNVs que se incluirán en el informe, se prestará atención a las siguientes columnas:

Se ignorarán los valores de pvalor, aún cuando este sea de 1.

Las columnas nMaj1_A y nMin1_A hacen referencia al número de copias de cada alelo y la columna frac1_A al % de la muestra al que afecta .

Las siguientes columnas (nMaj2_A, nMin2_A, frac2_A) hacen referencia a los mismos parámetros pero, en este caso, subclonales.

De cara al informe, también es interesante comprobar el número de genes a los que afecta la CNV y si alguno está implicado en cáncer.

VEP-annotation

Se lleva a cabo una revisión en dos pasos:

  • Si el programa ha fallado y aparece el mensaje de FAILED, se vuelve a lanzar con el comando vep-annotation-1.1.0_start que lanza la pipeline de anotación, corre OncoKB, el VEP, y el snapshot. Para ver qué opciones se tienen con dicho comando se puede usar el comando --help (apps-grch38 vep-annotation-1.1.0_start --help). Normalmente, se utilizará el siguiente comando con la opción --force: apps-grch38 vep-annotation-1.1.0_start -p Muestra_tumor Muestra_normal --force
    • Ejemplo: apps-grch38 vep-annotation-1.1.0_start -p DEM_H000022_T01_01_WG01 DEM_H000022_N01_01_WG01 --force
    • Para continuar, se copia la última línea que se ha escrito y al final se añade --commit
  • Si todo ha ido bien, el programa se queda como IN_PROGRESS en Isabl, al igual que battenberg, y en este punto se pueden revisar las mutaciones manualmente. Para ello, se abre el archivo Snapshots (como muestra la imagen):

Se abre una ventana donde se muestra el archivo bam con las variantes y sus lecturas (como la imagen inferior) tanto en tumor como en normal:

En la parte inferior aparecerán unos botones para aprobar o rechazar las variantes detectadas. Se deben revisar manualmente al menos el 70% de las mismas (sino fallará el programa). Una vez se haya llevado a cabo toda la revisión, se hará click en "Save session".

Una vez se hayan guardado los cambios, se utilizará el comando vep-annotation-1.1.0_finalise, que cerrará el proceso de revisión, de la siguiente manera: isabl apps-grch38 vep-annotation-1.1.0_finalise -p Muestra_tumor Muestra_normal

Para continuar, se copia la última línea que se ha escrito y al final se añade --commit

En este punto, ya se pueden ver en Isabl los archivos con todas las variantes que han pasado los filtros predefinidos en los archivos VEP: filtered y curated.

Si no hubiese ninguna variante que revisar, la revisión se tendría que cerrar desde la consola con el siguiente comando:

isabl apps-grch38 vep-annotation-1.1.0_finalise -p muestra/experimento_tumoral muestra/experimento_normal

y añadir, tras comprobar que está bien el comando, --commit.

Ejemplo: isabl apps-grch38 vep-annotation-1.1.0_finalise -p DEM_H000041_T01_01_WG01 DEM_H000041_N01_01_WG01 --commit

En la tabla 1 del informe se recogerán las variantes recogidas en la oncoKB y en la tabla 2 aquellas que estén presentes y sean relevantes en genes asociados a cáncer.

En el anexo, se incluirán otras variantes (tier 3) que cumplan X filtros (por determinar).