From 7139798a7f39580c50855123d034128836e62080 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 09:43:47 +0100 Subject: [PATCH 1/4] Move fasta sequence ID to a reusable constant --- lib/sequenceserver/blast.rb | 6 ++++++ lib/sequenceserver/sequence.rb | 3 +-- 2 files changed, 7 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/lib/sequenceserver/blast.rb b/lib/sequenceserver/blast.rb index d38033ea7..b34ca7d24 100644 --- a/lib/sequenceserver/blast.rb +++ b/lib/sequenceserver/blast.rb @@ -1,3 +1,9 @@ require_relative 'blast/job' require_relative 'blast/report' require_relative 'blast/constants' + +module SequenceServer + module BLAST + VALID_SEQUENCE_ID = /\A[a-zA-Z0-9\-_.:*#|\[\]]+\z/ + end +end \ No newline at end of file diff --git a/lib/sequenceserver/sequence.rb b/lib/sequenceserver/sequence.rb index 0a61fb637..4f010a2e2 100644 --- a/lib/sequenceserver/sequence.rb +++ b/lib/sequenceserver/sequence.rb @@ -232,9 +232,8 @@ def validate ) end - valid_id_regex = /\A[a-zA-Z0-9-_.:*#|\[\]]+\z/ invalid_sequence_ids = sequence_ids.reject do |id| - id =~ valid_id_regex + id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID end unless invalid_sequence_ids.empty? From e647828b2b1f854d5d77232038cbfc36171eb3e0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 09:47:21 +0100 Subject: [PATCH 2/4] Validate fasta sequence ID before checking for its inclusion in the DB --- lib/sequenceserver/database.rb | 2 ++ spec/database_spec.rb | 20 ++++++++++++++++++-- 2 files changed, 20 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/lib/sequenceserver/database.rb b/lib/sequenceserver/database.rb index 5e9ebf300..15c96c0fd 100644 --- a/lib/sequenceserver/database.rb +++ b/lib/sequenceserver/database.rb @@ -52,6 +52,8 @@ def retrieve(accession, coords = nil) # Returns true if the database contains the given sequence id. # Returns false otherwise. def include?(id) + raise ArgumentError, "Invalid sequence id: #{id}" unless id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID + cmd = "blastdbcmd -entry '#{id}' -db #{name}" sys(cmd, path: config[:bin]) rescue false end diff --git a/spec/database_spec.rb b/spec/database_spec.rb index 24630fbfa..7e8af7364 100644 --- a/spec/database_spec.rb +++ b/spec/database_spec.rb @@ -27,8 +27,24 @@ module SequenceServer Database[id].first end - it 'knows if a given accession is in the database or not' do - solenopsis_protein_database.include?('SI2.2.0_06267').should be_truthy + describe '#include?' do + it 'knows if a given accession is present in the database' do + expect(solenopsis_protein_database).to include('SI2.2.0_06267') + end + + it 'knows if a given accession is absent in the database' do + expect(solenopsis_protein_database).not_to include('LOL.2.0_404') + end + + it 'validates the id' do + expect do + solenopsis_protein_database.include?("';hi") + end.to raise_error(ArgumentError, "Invalid sequence id: ';hi") + end + end + + describe '#retrieve' do + end end end From 2dc3ecebdbc7508e4968e27f853733a338aec743 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 09:47:42 +0100 Subject: [PATCH 3/4] Update test fixture with version bump --- .../expected_outputs/frontend.json | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json b/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json index 753abc248..05cb04f1a 100644 --- a/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json +++ b/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json @@ -1 +1 @@ -{"querydb":[{"name":"$PATH_PREFIX/sequenceserver/spec/database/v5/funky_ids/funky_ids.fa","title":"funky ids (v5)","type":"nucleotide","nsequences":"8","ncharacters":"312","updated_on":"Aug 13, 2020 11:23 AM","format":"5","categories":["v5","funky_ids"],"id":"14523afcc7719886a34e3a0947db54c5"},{"name":"$PATH_PREFIX/sequenceserver/spec/database/v5/sample/genome/Solenopsis_invicta/Solenopsis_invicta_gnG_subset.fasta","title":"Solenopsis invicta gnG subset","type":"nucleotide","nsequences":"8","ncharacters":"39185542","updated_on":"Jun 17, 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InvalidParameterError < ValidationError + attr_reader :more_info + + def initialize(more_info) + super + @more_info = more_info + end + + def http_status + 422 + end + + def title + 'Invalid parameter' + end + + def message + "The action you're trying to perform is not possible because \ + one of the provided parameters is invalid." + end + end + # API errors have an http status, title, message, and additional information # like stacktrace or information from program output. APIError = Class.new(Error) diff --git a/lib/sequenceserver/blast.rb b/lib/sequenceserver/blast.rb index b34ca7d24..fa27a3203 100644 --- a/lib/sequenceserver/blast.rb +++ b/lib/sequenceserver/blast.rb @@ -6,4 +6,4 @@ module SequenceServer module BLAST VALID_SEQUENCE_ID = /\A[a-zA-Z0-9\-_.:*#|\[\]]+\z/ end -end \ No newline at end of file +end diff --git a/lib/sequenceserver/database.rb b/lib/sequenceserver/database.rb index 15c96c0fd..298a34e5c 100644 --- a/lib/sequenceserver/database.rb +++ b/lib/sequenceserver/database.rb @@ -37,8 +37,19 @@ def initialize(*args) alias path name def retrieve(accession, coords = nil) + fail( + InvalidSequenceIdError, + "Invalid sequence id: #{accession}" + ) unless accession =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID + cmd = "blastdbcmd -db #{name} -entry '#{accession}'" + if coords + fail( + InvalidParameterError, + "Invalid range coordinates: #{coords}" + ) unless coords =~ /[0-9]+-[0-9]*/ + cmd << " -range #{coords}" end out, = sys(cmd, path: config[:bin]) @@ -52,7 +63,7 @@ def retrieve(accession, coords = nil) # Returns true if the database contains the given sequence id. # Returns false otherwise. def include?(id) - raise ArgumentError, "Invalid sequence id: #{id}" unless id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID + fail ArgumentError, "Invalid sequence id: #{id}" unless id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID cmd = "blastdbcmd -entry '#{id}' -db #{name}" sys(cmd, path: config[:bin]) rescue false diff --git a/spec/database_spec.rb b/spec/database_spec.rb index 7e8af7364..f604db7c8 100644 --- a/spec/database_spec.rb +++ b/spec/database_spec.rb @@ -43,8 +43,37 @@ module SequenceServer end end - describe '#retrieve' do + describe '.retrieve' do + it "retrieves the sequence for a given accession" do + sequence = Database.retrieve("SI2.2.0_06267") + expect(sequence).to include('SI2.2.0_06267') + expect(sequence).to include('MNTLWLSLWDYPGKL') # start of fasta sequence + end + + it "retrieves an open sequence range for a given accession" do + sequence = Database.retrieve("SI2.2.0_06267:10-") + expect(sequence).to include('SI2.2.0_06267') + expect(sequence).not_to include('MNTLWLSLWD') # excludes first 10 chars + expect(sequence.lines[1]).to start_with('DYPGKLP') # start at an offset of 10 + end + + it "retrieves a closed sequence range for a given accession" do + sequence = Database.retrieve("SI2.2.0_06267:1-10") + expect(sequence).to include('SI2.2.0_06267') + expect(sequence.lines.last.size).to eq(10) + end + it "validates the sequence id" do + expect do + Database.retrieve("';hi") + end.to raise_error(SequenceServer::InvalidSequenceIdError) + end + + it "validates the range" do + expect do + Database.retrieve("SI2.2.0_06267:';hi") + end.to raise_error(SequenceServer::InvalidParameterError) + end end end end