From 23f322335662ef55bb211d9a4d5cec75ac3e95b8 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: jmthibault79 Date: Fri, 5 Oct 2018 16:10:44 -0400 Subject: [PATCH] Add 6 CRAM compliance tests from htslib (#1185) --- .../htsjdk/samtools/CRAMComplianceTest.java | 10 +- .../htsjdk/samtools/cram/c2#pad.2.1.cram | Bin 11077 -> 11251 bytes .../htsjdk/samtools/cram/c2#pad.3.0.cram | Bin 1070 -> 1257 bytes .../resources/htsjdk/samtools/cram/c2#pad.sam | 26 + src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/c2.fa | 2 + .../resources/htsjdk/samtools/cram/c2.fa.fai | 1 + .../htsjdk/samtools/cram/ce#1000.2.1.cram | Bin 0 -> 40569 bytes .../htsjdk/samtools/cram/ce#1000.3.0.cram | Bin 0 -> 30395 bytes .../htsjdk/samtools/cram/ce#1000.sam | 1005 +++++++++++++++++ .../htsjdk/samtools/cram/md#1.2.1.cram | Bin 0 -> 11198 bytes .../htsjdk/samtools/cram/md#1.3.0.cram | Bin 0 -> 1390 bytes .../resources/htsjdk/samtools/cram/md#1.sam | 12 + src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/md.fa | 3 + .../resources/htsjdk/samtools/cram/md.fa.fai | 1 + .../htsjdk/samtools/cram/xx#repeated.2.1.cram | Bin 0 -> 10532 bytes .../htsjdk/samtools/cram/xx#repeated.3.0.cram | Bin 0 -> 683 bytes .../htsjdk/samtools/cram/xx#repeated.sam | 7 + .../htsjdk/samtools/cram/xx#tlen.2.1.cram | Bin 11312 -> 11561 bytes .../htsjdk/samtools/cram/xx#tlen.3.0.cram | Bin 1296 -> 1535 bytes .../htsjdk/samtools/cram/xx#tlen.sam | 34 + .../htsjdk/samtools/cram/xx#tlen2.2.1.cram | Bin 11380 -> 11629 bytes .../htsjdk/samtools/cram/xx#tlen2.3.0.cram | Bin 1359 -> 1601 bytes .../htsjdk/samtools/cram/xx#tlen2.sam | 36 + 23 files changed, 1135 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/c2#pad.sam create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/c2.fa create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/c2.fa.fai create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/ce#1000.2.1.cram create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/ce#1000.3.0.cram create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/ce#1000.sam create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/md#1.2.1.cram create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/md#1.3.0.cram create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/md#1.sam create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/md.fa create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/md.fa.fai create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/xx#repeated.2.1.cram create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/xx#repeated.3.0.cram create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/xx#repeated.sam create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/xx#tlen.sam create mode 100644 src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/xx#tlen2.sam diff --git a/src/test/java/htsjdk/samtools/CRAMComplianceTest.java b/src/test/java/htsjdk/samtools/CRAMComplianceTest.java index ff9bdc0e76..308234ac32 100644 --- a/src/test/java/htsjdk/samtools/CRAMComplianceTest.java +++ b/src/test/java/htsjdk/samtools/CRAMComplianceTest.java @@ -41,14 +41,19 @@ public Object[][] getPartialVerificationData() { {"c1#noseq"}, // unsigned attributes: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/499 {"c1#unknown"}, // unsigned attributes: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/499 {"ce#5b"}, // reads with no read bases: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/509 + {"ce#1000"}, // SAMRecord mismatch: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/1189 {"ce#tag_depadded"},// reads with no read bases: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/509 {"ce#tag_padded"}, // reads with no read bases: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/509 {"ce#unmap"}, // unmapped reads with non-zero MAPQ value that is not restored // https://github.com/samtools/htsjdk/issues/714 - {"xx#triplet"}, // the version 2.1 variant of this file has a bad insertSize, which is - // probably residual detritus from https://github.com/samtools/htsjdk/issues/364 {"xx#minimal"}, // cigar string "5H0M5H" is restored as "10H" // https://github.com/samtools/htsjdk/issues/713 + {"xx#repeated"}, // SAMRecord mismatch: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/1189 + {"xx#tlen"}, // SAMRecord mismatch: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/1189 + {"xx#tlen2"}, // SAMRecord mismatch: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/1189 + {"xx#triplet"}, // the version 2.1 variant of this file has a bad insertSize, which is + // probably residual detritus from https://github.com/samtools/htsjdk/issues/364 + //{"md#1"}, // fails with "offensive record" errors: https://github.com/samtools/htsjdk/issues/1187 }; 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Q9~hjB3~X$maAITt0N({=r~m)} diff --git a/src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/c2#pad.3.0.cram b/src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/c2#pad.3.0.cram index e069a6b5f84603f961241b6a8c49134c27bb68c3..541e1e00ac19fd959f213b245564b6a161d92187 100644 GIT binary patch delta 942 zcmZ3-@shLNImpqMnIYLoxgaq`&sfhuFS#f&mjMJ`GJ+`}!NkPSXkQhtPy!TbG-=Y1 z@8*C=3D=(6>vz~dg!Mt!*~%_!1Id+nPF%jrLge;1Fq_me950k|4vOB__u!-CuloxR zUzN3!o%{KR!Az0Y{+r^SYANQgwy9Ts|2anUW=dh$_P5JbqoA5&PHB+6rJNjt+?%|3P3gBd5cs}LQ(@B@I{%brBJm~$Y#gKtvecleM!rBxs zP20c9>IG?qJG{%vfBrPmU9sb7vAK8?_rdiRdn5ETmOiSgeD&^A&3v);OMh7cKfaI; z^ZousgNcE`u;;KXFxVRAH_V3xECa*jY{u@%1&mxCIYzVeW&>3*FmiG-c=IqeTr&81 zdm{rQL&Ncg<3cPUE{qJpzS1BN9ha&$jHKNAdg4_lV>oi)t8+; zBg@FbBk2tjXAw4TZ~QO9%K zpqjsF6^|HMBxN~aYFLCHr=%u7e(>zkBPIqDBYAgV%rMA%n^`cjNFl4LPfkjFp7J~; zHJz1VZQj)gkh0~48)q=GNSm4?3}Zd0$jD&8!(v$Meu^#m;a};9rbSyb)^C5Y>xAXT zV{!R0&zYOw{^u|U>fR>iah#Dw#sEckBQFC3PqV_-lmF~1FDzA2>TFOE?3`&5DI6cs zXKOR%uj4ZNB0tkDPlai8BpooPjjG_J2=W_x;rH{|L&SGSdmk~u$>cqh2 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