gget_elm_BRCA2_example.ipynb

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        "# `gget elm` predicts the loss of a protein interaction motif involved in DNA repair in a carcinogenic BRCA2 mutation\n",
        "Reference: Oliver AW, Swift S, Lord CJ, Ashworth A, Pearl LH. Structural basis for recruitment of BRCA2 by PALB2. EMBO Rep. 2009 Sep;10(9):990-6. doi: 10.1038/embor.2009.126. Epub 2009 Jul 17. Erratum in: EMBO Rep. 2017 Jul;18(7):1264. PMID: 19609323; PMCID: PMC2750052. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2750052/\n",
        "\n",
        "Please note that ELM data can be downloaded & distributed only for academic and/or non-commercial use. Any industry/commercial usage should be done according to the [ELM Software License Agreement](http://elm.eu.org/media/Elm_academic_license.pdf)."
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        "### Install `gget` and set up `gget elm`"
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        "!pip install -qU gget"
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            "\u001b[2K     \u001b[90m━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━\u001b[0m \u001b[32m1.6/1.6 MB\u001b[0m \u001b[31m36.5 MB/s\u001b[0m eta \u001b[36m0:00:00\u001b[0m\n",
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          ]
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            "   % To t%a lT o t a l%   R e c%e iRveecde %i vXefde % Xrfde r dA v eArvaegre Sapegee dS p e eTidm e    T i mTei m e     T i mTe  i m e  T iCmuer r eCnutr\n",
            "r e n t \n",
            "                                                          D l o a dD l oUapdl o aUdp l o aTdo t a lT o t aSlp e n tS p e nt     LLeefftt    SSppeeeedd\n",
            "\n",
            "\r\r    0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:-0-  :-- --:--:--     0   0    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--     0\r  0 2123k    0 16969    0     0  24740      0  0:01:27 --:--:--  0:01:27 24736\r 60 87336   60 53192    0     0  66657      0  0:00:01 --:--:--  0:00:01 66656\r100 87336  100 87336    0     0  93872      0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 93808\n",
            "  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current\n",
            "                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed\n",
            "\r  0     0    0     0    0     0      0      0 --:--:-- --:--:-- --:--:--     0\r 14 2123k   14  302k    0     0   172k      0  0:00:12  0:00:01  0:00:11  172k\r  7  914k    7 73461    0     0  91353      0  0:00:10 --:--:--  0:00:10 91255\r 48  914k   48  442k    0     0   254k      0  0:00:03  0:00:01  0:00:02  254k\r 42 2123k   42  894k    0     0   333k      0  0:00:06  0:00:02  0:00:04  333k\r100  914k  100  914k    0     0   361k      0  0:00:02  0:00:02 --:--:--  361k\n",
            "\r 87 2123k   87 1864k    0     0   497k      0  0:00:04  0:00:03  0:00:01  497k\r100 2123k  100 2123k    0     0   547k      0  0:00:03  0:00:03 --:--:--  546k\n"
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        "import gget\n",
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        "### Find protein interaction motifs based on ortholog and regex matches in the wildtype and mutant BRCA2 amino acid sequences"
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        "# Define wildtype and mutant BRCA2 amino acid sequences\n",
        "wt_brca2 = \"MPIGSKERPTFFEIFKTRCNKADLGPISLNWFEELSSEAPPYNSEPAEESEHKNNNYEPNLFKTPQRKPSYNQLASTPIIFKEQGLTLPLYQSPVKELDKFKLDLGRNVPNSRHKSLRTVKTKMDQADDVSCPLLNSCLSESPVVLQCTHVTPQRDKSVVCGSLFHTPKFVKGRQTPKHISESLGAEVDPDMSWSSSLATPPTLSSTVLIVRNEEASETVFPHDTTANVKSYFSNHDESLKKNDRFIASVTDSENTNQREAASHGFGKTSGNSFKVNSCKDHIGKSMPNVLEDEVYETVVDTSEEDSFSLCFSKCRTKNLQKVRTSKTRKKIFHEANADECEKSKNQVKEKYSFVSEVEPNDTDPLDSNVANQKPFESGSDKISKEVVPSLACEWSQLTLSGLNGAQMEKIPLLHISSCDQNISEKDLLDTENKRKKDFLTSENSLPRISSLPKSEKPLNEETVVNKRDEEQHLESHTDCILAVKQAISGTSPVASSFQGIKKSIFRIRESPKETFNASFSGHMTDPNFKKETEASESGLEIHTVCSQKEDSLCPNLIDNGSWPATTTQNSVALKNAGLISTLKKKTNKFIYAIHDETSYKGKKIPKDQKSELINCSAQFEANAFEAPLTFANADSGLLHSSVKRSCSQNDSEEPTLSLTSSFGTILRKCSRNETCSNNTVISQDLDYKEAKCNKEKLQLFITPEADSLSCLQEGQCENDPKSKKVSDIKEEVLAAACHPVQHSKVEYSDTDFQSQKSLLYDHENASTLILTPTSKDVLSNLVMISRGKESYKMSDKLKGNNYESDVELTKNIPMEKNQDVCALNENYKNVELLPPEKYMRVASPSRKVQFNQNTNLRVIQKNQEETTSISKITVNPDSEELFSDNENNFVFQVANERNNLALGNTKELHETDLTCVNEPIFKNSTMVLYGDTGDKQATQVSIKKDLVYVLAEENKNSVKQHIKMTLGQDLKSDISLNIDKIPEKNNDYMNKWAGLLGPISNHSFGGSFRTASNKEIKLSEHNIKKSKMFFKDIEEQYPTSLACVEIVNTLALDNQKKLSKPQSINTVSAHLQSSVVVSDCKNSHITPQMLFSKQDFNSNHNLTPSQKAEITELSTILEESGSQFEFTQFRKPSYILQKSTFEVPENQMTILKTTSEECRDADLHVIMNAPSIGQVDSSKQFEGTVEIKRKFAGLLKNDCNKSASGYLTDENEVGFRGFYSAHGTKLNVSTEALQKAVKLFSDIENISEETSAEVHPISLSSSKCHDSVVSMFKIENHNDKTVSEKNNKCQLILQNNIEMTTGTFVEEITENYKRNTENEDNKYTAASRNSHNLEFDGSDSSKNDTVCIHKDETDLLFTDQHNICLKLSGQFMKEGNTQIKEDLSDLTFLEVAKAQEACHGNTSNKEQLTATKTEQNIKDFETSDTFFQTASGKNISVAKESFNKIVNFFDQKPEELHNFSLNSELHSDIRKNKMDILSYEETDIVKHKILKESVPVGTGNQLVTFQGQPERDEKIKEPTLLGFHTASGKKVKIAKESLDKVKNLFDEKEQGTSEITSFSHQWAKTLKYREACKDLELACETIEITAAPKCKEMQNSLNNDKNLVSIETVVPPKLLSDNLCRQTENLKTSKSIFLKVKVHENVEKETAKSPATCYTNQSPYSVIENSALAFYTSCSRKTSVSQTSLLEAKKWLREGIFDGQPERINTADYVGNYLYENNSNSTIAENDKNHLSEKQDTYLSNSSMSNSYSYHSDEVYNDSGYLSKNKLDSGIEPVLKNVEDQKNTSFSKVISNVKDANAYPQTVNEDICVEELVTSSSPCKNKNAAIKLSISNSNNFEVGPPAFRIASGKIVCVSHETIKKVKDIFTDSFSKVIKENNENKSKICQTKIMAGCYEALDDSEDILHNSLDNDECSTHSHKVFADIQSEEILQHNQNMSGLEKVSKISPCDVSLETSDICKCSIGKLHKSVSSANTCGIFSTASGKSVQVSDASLQNARQVFSEIEDSTKQVFSKVLFKSNEHSDQLTREENTAIRTPEHLISQKGFSYNVVNSSAFSGFSTASGKQVSILESSLHKVKGVLEEFDLIRTEHSLHYSPTSRQNVSKILPRVDKRNPEHCVNSEMEKTCSKEFKLSNNLNVEGGSSENNHSIKVSPYLSQFQQDKQQLVLGTKVSLVENIHVLGKEQASPKNVKMEIGKTETFSDVPVKTNIEVCSTYSKDSENYFETEAVEIAKAFMEDDELTDSKLPSHATHSLFTCPENEEMVLSNSRIGKRRGEPLILVGEPSIKRNLLNEFDRIIENQEKSLKASKSTPDGTIKDRRLFMHHVSLEPITCVPFRTTKERQEIQNPNFTAPGQEFLSKSHLYEHLTLEKSSSNLAVSGHPFYQVSATRNEKMRHLITTGRPTKVFVPPFKTKSHFHRVEQCVRNINLEENRQKQNIDGHGSDDSKNKINDNEIHQFNKNNSNQAVAVTFTKCEEEPLDLITSLQNARDIQDMRIKKKQRQRVFPQPGSLYLAKTSTLPRISLKAAVGGQVPSACSHKQLYTYGVSKHCIKINSKNAESFQFHTEDYFGKESLWTGKGIQLADGGWLIPSNDGKAGKEEFYRALCDTPGVDPKLISRIWVYNHYRWIIWKLAAMECAFPKEFANRCLSPERVLLQLKYRYDTEIDRSRRSAIKKIMERDDTAAKTLVLCVSDIISLSANISETSSNKTSSADTQKVAIIELTDGWYAVKAQLDPPLLAVLKNGRLTVGQKIILHGAELVGSPDACTPLEAPESLMLKISANSTRPARWYTKLGFFPDPRPFPLPLSSLFSDGGNVGCVDVIIQRAYPIQWMEKTSSGLYIFRNEREEEKEAAKYVEAQQKRLEALFTKIQEEFEEHEENTTKPYLPSRALTRQQVRALQDGAELYEAVKNAADPAYLEGYFSEEQLRALNNHRQMLNDKKQAQIQLEIRKAMESAEQKEQGLSRDVTTVWKLRIVSYSKKEKDSVILSIWRPSSDLYSLLTEGKRYRIYHLATSKSKSKSERANIQLAATKKTQYQQLPVSDEILFQIYQPREPLHFSKFLDPDFQPSCSEVDLIGFVVSVVKKTGLAPFVYLSDECYNLLAIKFWIDLNEDIIKPHMLIAASNLQWRPESKSGLLTLFAGDFSVFSASPKEGHFQETFNKMKNTVENIDILCNEAENKLMHILHANDPKWSTPTKDCTSGPYTAQIIPGTGNKLLMSSPNCEIYYQSPLSLCMAKRKSVSTPVSAQMTSKSCKGEKEIDDQKNCKKRRALDFLSRLPLPPPVSPICTFVSPAAQKAFQPPRSCGTKYETPIKKKELNSPQMTPFKKFNEISLLESNSIADEELALINTQALLSGSTGEKQFISVSESTRTAPTSSEDYLRLKRRCTTSLIKEQESSQASTEECEKNKQDTITTKKYI\"\n",
        "mutant_brca2 = \"MPIGSKERPTFFEIFKTRCNKADLGPISLNCFEELSSEAPPYNSEPAEESEHKNNNYEPNLFKTPQRKPSYNQLASTPIIFKEQGLTLPLYQSPVKELDKFKLDLGRNVPNSRHKSLRTVKTKMDQADDVSCPLLNSCLSESPVVLQCTHVTPQRDKSVVCGSLFHTPKFVKGRQTPKHISESLGAEVDPDMSWSSSLATPPTLSSTVLIVRNEEASETVFPHDTTANVKSYFSNHDESLKKNDRFIASVTDSENTNQREAASHGFGKTSGNSFKVNSCKDHIGKSMPNVLEDEVYETVVDTSEEDSFSLCFSKCRTKNLQKVRTSKTRKKIFHEANADECEKSKNQVKEKYSFVSEVEPNDTDPLDSNVANQKPFESGSDKISKEVVPSLACEWSQLTLSGLNGAQMEKIPLLHISSCDQNISEKDLLDTENKRKKDFLTSENSLPRISSLPKSEKPLNEETVVNKRDEEQHLESHTDCILAVKQAISGTSPVASSFQGIKKSIFRIRESPKETFNASFSGHMTDPNFKKETEASESGLEIHTVCSQKEDSLCPNLIDNGSWPATTTQNSVALKNAGLISTLKKKTNKFIYAIHDETSYKGKKIPKDQKSELINCSAQFEANAFEAPLTFANADSGLLHSSVKRSCSQNDSEEPTLSLTSSFGTILRKCSRNETCSNNTVISQDLDYKEAKCNKEKLQLFITPEADSLSCLQEGQCENDPKSKKVSDIKEEVLAAACHPVQHSKVEYSDTDFQSQKSLLYDHENASTLILTPTSKDVLSNLVMISRGKESYKMSDKLKGNNYESDVELTKNIPMEKNQDVCALNENYKNVELLPPEKYMRVASPSRKVQFNQNTNLRVIQKNQEETTSISKITVNPDSEELFSDNENNFVFQVANERNNLALGNTKELHETDLTCVNEPIFKNSTMVLYGDTGDKQATQVSIKKDLVYVLAEENKNSVKQHIKMTLGQDLKSDISLNIDKIPEKNNDYMNKWAGLLGPISNHSFGGSFRTASNKEIKLSEHNIKKSKMFFKDIEEQYPTSLACVEIVNTLALDNQKKLSKPQSINTVSAHLQSSVVVSDCKNSHITPQMLFSKQDFNSNHNLTPSQKAEITELSTILEESGSQFEFTQFRKPSYILQKSTFEVPENQMTILKTTSEECRDADLHVIMNAPSIGQVDSSKQFEGTVEIKRKFAGLLKNDCNKSASGYLTDENEVGFRGFYSAHGTKLNVSTEALQKAVKLFSDIENISEETSAEVHPISLSSSKCHDSVVSMFKIENHNDKTVSEKNNKCQLILQNNIEMTTGTFVEEITENYKRNTENEDNKYTAASRNSHNLEFDGSDSSKNDTVCIHKDETDLLFTDQHNICLKLSGQFMKEGNTQIKEDLSDLTFLEVAKAQEACHGNTSNKEQLTATKTEQNIKDFETSDTFFQTASGKNISVAKESFNKIVNFFDQKPEELHNFSLNSELHSDIRKNKMDILSYEETDIVKHKILKESVPVGTGNQLVTFQGQPERDEKIKEPTLLGFHTASGKKVKIAKESLDKVKNLFDEKEQGTSEITSFSHQWAKTLKYREACKDLELACETIEITAAPKCKEMQNSLNNDKNLVSIETVVPPKLLSDNLCRQTENLKTSKSIFLKVKVHENVEKETAKSPATCYTNQSPYSVIENSALAFYTSCSRKTSVSQTSLLEAKKWLREGIFDGQPERINTADYVGNYLYENNSNSTIAENDKNHLSEKQDTYLSNSSMSNSYSYHSDEVYNDSGYLSKNKLDSGIEPVLKNVEDQKNTSFSKVISNVKDANAYPQTVNEDICVEELVTSSSPCKNKNAAIKLSISNSNNFEVGPPAFRIASGKIVCVSHETIKKVKDIFTDSFSKVIKENNENKSKICQTKIMAGCYEALDDSEDILHNSLDNDECSTHSHKVFADIQSEEILQHNQNMSGLEKVSKISPCDVSLETSDICKCSIGKLHKSVSSANTCGIFSTASGKSVQVSDASLQNARQVFSEIEDSTKQVFSKVLFKSNEHSDQLTREENTAIRTPEHLISQKGFSYNVVNSSAFSGFSTASGKQVSILESSLHKVKGVLEEFDLIRTEHSLHYSPTSRQNVSKILPRVDKRNPEHCVNSEMEKTCSKEFKLSNNLNVEGGSSENNHSIKVSPYLSQFQQDKQQLVLGTKVSLVENIHVLGKEQASPKNVKMEIGKTETFSDVPVKTNIEVCSTYSKDSENYFETEAVEIAKAFMEDDELTDSKLPSHATHSLFTCPENEEMVLSNSRIGKRRGEPLILVGEPSIKRNLLNEFDRIIENQEKSLKASKSTPDGTIKDRRLFMHHVSLEPITCVPFRTTKERQEIQNPNFTAPGQEFLSKSHLYEHLTLEKSSSNLAVSGHPFYQVSATRNEKMRHLITTGRPTKVFVPPFKTKSHFHRVEQCVRNINLEENRQKQNIDGHGSDDSKNKINDNEIHQFNKNNSNQAVAVTFTKCEEEPLDLITSLQNARDIQDMRIKKKQRQRVFPQPGSLYLAKTSTLPRISLKAAVGGQVPSACSHKQLYTYGVSKHCIKINSKNAESFQFHTEDYFGKESLWTGKGIQLADGGWLIPSNDGKAGKEEFYRALCDTPGVDPKLISRIWVYNHYRWIIWKLAAMECAFPKEFANRCLSPERVLLQLKYRYDTEIDRSRRSAIKKIMERDDTAAKTLVLCVSDIISLSANISETSSNKTSSADTQKVAIIELTDGWYAVKAQLDPPLLAVLKNGRLTVGQKIILHGAELVGSPDACTPLEAPESLMLKISANSTRPARWYTKLGFFPDPRPFPLPLSSLFSDGGNVGCVDVIIQRAYPIQWMEKTSSGLYIFRNEREEEKEAAKYVEAQQKRLEALFTKIQEEFEEHEENTTKPYLPSRALTRQQVRALQDGAELYEAVKNAADPAYLEGYFSEEQLRALNNHRQMLNDKKQAQIQLEIRKAMESAEQKEQGLSRDVTTVWKLRIVSYSKKEKDSVILSIWRPSSDLYSLLTEGKRYRIYHLATSKSKSKSERANIQLAATKKTQYQQLPVSDEILFQIYQPREPLHFSKFLDPDFQPSCSEVDLIGFVVSVVKKTGLAPFVYLSDECYNLLAIKFWIDLNEDIIKPHMLIAASNLQWRPESKSGLLTLFAGDFSVFSASPKEGHFQETFNKMKNTVENIDILCNEAENKLMHILHANDPKWSTPTKDCTSGPYTAQIIPGTGNKLLMSSPNCEIYYQSPLSLCMAKRKSVSTPVSAQMTSKSCKGEKEIDDQKNCKKRRALDFLSRLPLPPPVSPICTFVSPAAQKAFQPPRSCGTKYETPIKKKELNSPQMTPFKKFNEISLLESNSIADEELALINTQALLSGSTGEKQFISVSESTRTAPTSSEDYLRLKRRCTTSLIKEQESSQASTEECEKNKQDTITTKKYI\""
      ]
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          "name": "stdout",
          "text": [
            "\n",
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            " \t \u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mF\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mV\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mA\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;11mP\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mD\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;14mY\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mL\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mL\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;13mC\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mL\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mA\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;13mC\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mN\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mD\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;14mY\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\n",
            "Seq1\n",
            " \t \u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mF\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mV\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mA\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;11mP\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mD\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;14mY\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mL\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mL\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mR\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;13mC\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mL\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mA\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mS\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;13mC\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mE\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mN\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mQ\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;5mD\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;10mT\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;9mK\u001b[0;0m\u001b[38;5;0m\u001b[48;5;14mY\u001b[0;0m\u001b[38;5;15m\u001b[48;5;12mI\u001b[0;0m\n"
          ]
        },
        {
          "output_type": "stream",
          "name": "stderr",
          "text": [
            "\n",
            "muscle 5.2.linux64 [00617b]  13.3Gb RAM, 2 cores\n",
            "Built Apr 13 2022 00:43:46\n",
            "(C) Copyright 2004-2021 Robert C. Edgar.\n",
            "https://drive5.com\n",
            "\n",
            "Input: 2 seqs, avg length 3418, max 3418\n",
            "\n",
            "00:00 8.1Mb  CPU has 2 cores, running 2 threads\n",
            "00:00 16Mb    100.0% Calc posteriors\r\n",
            "00:03 17Mb    100.0% UPGMA5         \r\n"
          ]
        }
      ],
      "source": [
        "# Visualize the single amino acid difference between the sequences (W31C)\n",
        "gget.muscle([wt_brca2, mutant_brca2])"
      ]
    },
    {
      "cell_type": "code",
      "execution_count": 5,
      "metadata": {
        "id": "q07kbwgPLO_u"
      },
      "outputs": [],
      "source": [
        "# Predict protein interaction motifs in the wildtype sequence\n",
        "wt_ortho, wt_regex = gget.elm(wt_brca2)"
      ]
    },
    {
      "cell_type": "code",
      "source": [
        "# Predict protein interaction motifs in the mutant sequence\n",
        "mutant_ortho, mutant_regex = gget.elm(mutant_brca2)"
      ],
      "metadata": {
        "id": "TxC9kUKlYbz7"
      },
      "execution_count": 6,
      "outputs": []
    },
    {
      "cell_type": "markdown",
      "metadata": {
        "id": "D0g1vOUgNCzK"
      },
      "source": [
        "### Compare the ELMs found for the mutant versus the wildtype sequence"
      ]
    },
    {
      "cell_type": "code",
      "execution_count": 7,
      "metadata": {
        "id": "8bkkOVzjNIn1"
      },
      "outputs": [],
      "source": [
        "# Do not truncate data frames\n",
        "import pandas as pd\n",
        "pd.set_option('display.max_colwidth', None)"
      ]
    },
    {
      "cell_type": "markdown",
      "source": [
        "Extract all motifs that are contained in the regex results for the wildtype but not for the mutant sequence:"
      ],
      "metadata": {
        "id": "ATLrC8-ps8Ot"
      }
    },
    {
      "cell_type": "code",
      "execution_count": 8,
      "metadata": {
        "colab": {
          "base_uri": "https://localhost:8080/",
          "height": 306
        },
        "id": "y0yUTMQYMrOi",
        "outputId": "56b22205-81b6-4a9e-a733-959157b4f8a5"
      },
      "outputs": [
        {
          "output_type": "execute_result",
          "data": {
            "text/plain": [
              "    Instance_accession     ELMIdentifier  \\\n",
              "535         ELME000413  LIG_PALB2_WD40_1   \n",
              "\n",
              "                           FunctionalSiteName ELMType  \\\n",
              "535  PALB2 WD40 repeat binding motif in BRCA2     LIG   \n",
              "\n",
              "                                                                                                                                                                        Description  \\\n",
              "535  A motif present in the BRCA2 protein which binds to the WD 40 repeat (blade 4,5) domain of PALB2 which is required for the recognition of DNA double strand breaks and repair.   \n",
              "\n",
              "         Regex Instances (Matched Sequence) motif_start_in_query  \\\n",
              "535  ....WF..L                    ISLNWFEEL                   26   \n",
              "\n",
              "    motif_end_in_query  InstanceLogic  #Instances  #Instances_in_PDB  \n",
              "535                 35  true positive           1                  1  "
            ],
            "text/html": [
              "\n",
              "  <div id=\"df-4d171e12-1c59-42d6-be9f-baa8fb73d296\" class=\"colab-df-container\">\n",
              "    <div>\n",
              "<style scoped>\n",
              "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
              "        vertical-align: middle;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .dataframe tbody tr th {\n",
              "        vertical-align: top;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .dataframe thead th {\n",
              "        text-align: right;\n",
              "    }\n",
              "</style>\n",
              "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
              "  <thead>\n",
              "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
              "      <th></th>\n",
              "      <th>Instance_accession</th>\n",
              "      <th>ELMIdentifier</th>\n",
              "      <th>FunctionalSiteName</th>\n",
              "      <th>ELMType</th>\n",
              "      <th>Description</th>\n",
              "      <th>Regex</th>\n",
              "      <th>Instances (Matched Sequence)</th>\n",
              "      <th>motif_start_in_query</th>\n",
              "      <th>motif_end_in_query</th>\n",
              "      <th>InstanceLogic</th>\n",
              "      <th>#Instances</th>\n",
              "      <th>#Instances_in_PDB</th>\n",
              "    </tr>\n",
              "  </thead>\n",
              "  <tbody>\n",
              "    <tr>\n",
              "      <th>535</th>\n",
              "      <td>ELME000413</td>\n",
              "      <td>LIG_PALB2_WD40_1</td>\n",
              "      <td>PALB2 WD40 repeat binding motif in BRCA2</td>\n",
              "      <td>LIG</td>\n",
              "      <td>A motif present in the BRCA2 protein which binds to the WD 40 repeat (blade 4,5) domain of PALB2 which is required for the recognition of DNA double strand breaks and repair.</td>\n",
              "      <td>....WF..L</td>\n",
              "      <td>ISLNWFEEL</td>\n",
              "      <td>26</td>\n",
              "      <td>35</td>\n",
              "      <td>true positive</td>\n",
              "      <td>1</td>\n",
              "      <td>1</td>\n",
              "    </tr>\n",
              "  </tbody>\n",
              "</table>\n",
              "</div>\n",
              "    <div class=\"colab-df-buttons\">\n",
              "\n",
              "  <div class=\"colab-df-container\">\n",
              "    <button class=\"colab-df-convert\" onclick=\"convertToInteractive('df-4d171e12-1c59-42d6-be9f-baa8fb73d296')\"\n",
              "            title=\"Convert this dataframe to an interactive table.\"\n",
              "            style=\"display:none;\">\n",
              "\n",
              "  <svg xmlns=\"http://www.w3.org/2000/svg\" height=\"24px\" viewBox=\"0 -960 960 960\">\n",
              "    <path d=\"M120-120v-720h720v720H120Zm60-500h600v-160H180v160Zm220 220h160v-160H400v160Zm0 220h160v-160H400v160ZM180-400h160v-160H180v160Zm440 0h160v-160H620v160ZM180-180h160v-160H180v160Zm440 0h160v-160H620v160Z\"/>\n",
              "  </svg>\n",
              "    </button>\n",
              "\n",
              "  <style>\n",
              "    .colab-df-container {\n",
              "      display:flex;\n",
              "      gap: 12px;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .colab-df-convert {\n",
              "      background-color: #E8F0FE;\n",
              "      border: none;\n",
              "      border-radius: 50%;\n",
              "      cursor: pointer;\n",
              "      display: none;\n",
              "      fill: #1967D2;\n",
              "      height: 32px;\n",
              "      padding: 0 0 0 0;\n",
              "      width: 32px;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .colab-df-convert:hover {\n",
              "      background-color: #E2EBFA;\n",
              "      box-shadow: 0px 1px 2px rgba(60, 64, 67, 0.3), 0px 1px 3px 1px rgba(60, 64, 67, 0.15);\n",
              "      fill: #174EA6;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .colab-df-buttons div {\n",
              "      margin-bottom: 4px;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    [theme=dark] .colab-df-convert {\n",
              "      background-color: #3B4455;\n",
              "      fill: #D2E3FC;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    [theme=dark] .colab-df-convert:hover {\n",
              "      background-color: #434B5C;\n",
              "      box-shadow: 0px 1px 3px 1px rgba(0, 0, 0, 0.15);\n",
              "      filter: drop-shadow(0px 1px 2px rgba(0, 0, 0, 0.3));\n",
              "      fill: #FFFFFF;\n",
              "    }\n",
              "  </style>\n",
              "\n",
              "    <script>\n",
              "      const buttonEl =\n",
              "        document.querySelector('#df-4d171e12-1c59-42d6-be9f-baa8fb73d296 button.colab-df-convert');\n",
              "      buttonEl.style.display =\n",
              "        google.colab.kernel.accessAllowed ? 'block' : 'none';\n",
              "\n",
              "      async function convertToInteractive(key) {\n",
              "        const element = document.querySelector('#df-4d171e12-1c59-42d6-be9f-baa8fb73d296');\n",
              "        const dataTable =\n",
              "          await google.colab.kernel.invokeFunction('convertToInteractive',\n",
              "                                                    [key], {});\n",
              "        if (!dataTable) return;\n",
              "\n",
              "        const docLinkHtml = 'Like what you see? Visit the ' +\n",
              "          '<a target=\"_blank\" href=https://colab.research.google.com/notebooks/data_table.ipynb>data table notebook</a>'\n",
              "          + ' to learn more about interactive tables.';\n",
              "        element.innerHTML = '';\n",
              "        dataTable['output_type'] = 'display_data';\n",
              "        await google.colab.output.renderOutput(dataTable, element);\n",
              "        const docLink = document.createElement('div');\n",
              "        docLink.innerHTML = docLinkHtml;\n",
              "        element.appendChild(docLink);\n",
              "      }\n",
              "    </script>\n",
              "  </div>\n",
              "\n",
              "\n",
              "    </div>\n",
              "  </div>\n"
            ]
          },
          "metadata": {},
          "execution_count": 8
        }
      ],
      "source": [
        "# Merge dataframes using the 'indicator' parameter\n",
        "merged_df = pd.merge(wt_regex, mutant_regex, how='outer', indicator=True).loc[lambda x: x['_merge'] == 'left_only']\n",
        "\n",
        "# Extract rows from wt_regex that are not present in mutant_regex\n",
        "merged_df.drop('_merge', axis=1)"
      ]
    },
    {
      "cell_type": "markdown",
      "source": [
        "Extract all motifs that are contained in the regex results for the mutant but not for the wildtype sequence:"
      ],
      "metadata": {
        "id": "mXM-I3cZtEd5"
      }
    },
    {
      "cell_type": "code",
      "execution_count": 31,
      "metadata": {
        "colab": {
          "base_uri": "https://localhost:8080/",
          "height": 257
        },
        "id": "tCfHMpB6Ms0u",
        "outputId": "31b46537-1d9a-4441-8e98-85f359d2fb66"
      },
      "outputs": [
        {
          "output_type": "execute_result",
          "data": {
            "text/plain": [
              "    Instance_accession   ELMIdentifier                  FunctionalSiteName  \\\n",
              "552         ELME000007  LIG_RB_LxCxE_1  Pocket protein B Subdomain ligands   \n",
              "\n",
              "    ELMType  \\\n",
              "552     LIG   \n",
              "\n",
              "                                                                                                          Description  \\\n",
              "552  The LxCxE motif is found in multiple host and viral interactors of the pocket protein family (Rb, p107 and p130)   \n",
              "\n",
              "                                                          Regex  \\\n",
              "552  ([DEST]|^).{0,4}[LI].C.E.{1,4}[FLMIVAWPHY].{0,8}([DEST]|$)   \n",
              "\n",
              "    Instances (Matched Sequence) motif_start_in_query motif_end_in_query  \\\n",
              "552            SLNCFEELSSEAPPYNS                   27                 44   \n",
              "\n",
              "     InstanceLogic  #Instances  #Instances_in_PDB  \n",
              "552  true positive          45                  9  "
            ],
            "text/html": [
              "\n",
              "  <div id=\"df-50e61f99-51d0-45d7-b903-83d02ba899ab\" class=\"colab-df-container\">\n",
              "    <div>\n",
              "<style scoped>\n",
              "    .dataframe tbody tr th:only-of-type {\n",
              "        vertical-align: middle;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .dataframe tbody tr th {\n",
              "        vertical-align: top;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .dataframe thead th {\n",
              "        text-align: right;\n",
              "    }\n",
              "</style>\n",
              "<table border=\"1\" class=\"dataframe\">\n",
              "  <thead>\n",
              "    <tr style=\"text-align: right;\">\n",
              "      <th></th>\n",
              "      <th>Instance_accession</th>\n",
              "      <th>ELMIdentifier</th>\n",
              "      <th>FunctionalSiteName</th>\n",
              "      <th>ELMType</th>\n",
              "      <th>Description</th>\n",
              "      <th>Regex</th>\n",
              "      <th>Instances (Matched Sequence)</th>\n",
              "      <th>motif_start_in_query</th>\n",
              "      <th>motif_end_in_query</th>\n",
              "      <th>InstanceLogic</th>\n",
              "      <th>#Instances</th>\n",
              "      <th>#Instances_in_PDB</th>\n",
              "    </tr>\n",
              "  </thead>\n",
              "  <tbody>\n",
              "    <tr>\n",
              "      <th>552</th>\n",
              "      <td>ELME000007</td>\n",
              "      <td>LIG_RB_LxCxE_1</td>\n",
              "      <td>Pocket protein B Subdomain ligands</td>\n",
              "      <td>LIG</td>\n",
              "      <td>The LxCxE motif is found in multiple host and viral interactors of the pocket protein family (Rb, p107 and p130)</td>\n",
              "      <td>([DEST]|^).{0,4}[LI].C.E.{1,4}[FLMIVAWPHY].{0,8}([DEST]|$)</td>\n",
              "      <td>SLNCFEELSSEAPPYNS</td>\n",
              "      <td>27</td>\n",
              "      <td>44</td>\n",
              "      <td>true positive</td>\n",
              "      <td>45</td>\n",
              "      <td>9</td>\n",
              "    </tr>\n",
              "  </tbody>\n",
              "</table>\n",
              "</div>\n",
              "    <div class=\"colab-df-buttons\">\n",
              "\n",
              "  <div class=\"colab-df-container\">\n",
              "    <button class=\"colab-df-convert\" onclick=\"convertToInteractive('df-50e61f99-51d0-45d7-b903-83d02ba899ab')\"\n",
              "            title=\"Convert this dataframe to an interactive table.\"\n",
              "            style=\"display:none;\">\n",
              "\n",
              "  <svg xmlns=\"http://www.w3.org/2000/svg\" height=\"24px\" viewBox=\"0 -960 960 960\">\n",
              "    <path d=\"M120-120v-720h720v720H120Zm60-500h600v-160H180v160Zm220 220h160v-160H400v160Zm0 220h160v-160H400v160ZM180-400h160v-160H180v160Zm440 0h160v-160H620v160ZM180-180h160v-160H180v160Zm440 0h160v-160H620v160Z\"/>\n",
              "  </svg>\n",
              "    </button>\n",
              "\n",
              "  <style>\n",
              "    .colab-df-container {\n",
              "      display:flex;\n",
              "      gap: 12px;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .colab-df-convert {\n",
              "      background-color: #E8F0FE;\n",
              "      border: none;\n",
              "      border-radius: 50%;\n",
              "      cursor: pointer;\n",
              "      display: none;\n",
              "      fill: #1967D2;\n",
              "      height: 32px;\n",
              "      padding: 0 0 0 0;\n",
              "      width: 32px;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .colab-df-convert:hover {\n",
              "      background-color: #E2EBFA;\n",
              "      box-shadow: 0px 1px 2px rgba(60, 64, 67, 0.3), 0px 1px 3px 1px rgba(60, 64, 67, 0.15);\n",
              "      fill: #174EA6;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    .colab-df-buttons div {\n",
              "      margin-bottom: 4px;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    [theme=dark] .colab-df-convert {\n",
              "      background-color: #3B4455;\n",
              "      fill: #D2E3FC;\n",
              "    }\n",
              "\n",
              "    [theme=dark] .colab-df-convert:hover {\n",
              "      background-color: #434B5C;\n",
              "      box-shadow: 0px 1px 3px 1px rgba(0, 0, 0, 0.15);\n",
              "      filter: drop-shadow(0px 1px 2px rgba(0, 0, 0, 0.3));\n",
              "      fill: #FFFFFF;\n",
              "    }\n",
              "  </style>\n",
              "\n",
              "    <script>\n",
              "      const buttonEl =\n",
              "        document.querySelector('#df-50e61f99-51d0-45d7-b903-83d02ba899ab button.colab-df-convert');\n",
              "      buttonEl.style.display =\n",
              "        google.colab.kernel.accessAllowed ? 'block' : 'none';\n",
              "\n",
              "      async function convertToInteractive(key) {\n",
              "        const element = document.querySelector('#df-50e61f99-51d0-45d7-b903-83d02ba899ab');\n",
              "        const dataTable =\n",
              "          await google.colab.kernel.invokeFunction('convertToInteractive',\n",
              "                                                    [key], {});\n",
              "        if (!dataTable) return;\n",
              "\n",
              "        const docLinkHtml = 'Like what you see? Visit the ' +\n",
              "          '<a target=\"_blank\" href=https://colab.research.google.com/notebooks/data_table.ipynb>data table notebook</a>'\n",
              "          + ' to learn more about interactive tables.';\n",
              "        element.innerHTML = '';\n",
              "        dataTable['output_type'] = 'display_data';\n",
              "        await google.colab.output.renderOutput(dataTable, element);\n",
              "        const docLink = document.createElement('div');\n",
              "        docLink.innerHTML = docLinkHtml;\n",
              "        element.appendChild(docLink);\n",
              "      }\n",
              "    </script>\n",
              "  </div>\n",
              "\n",
              "\n",
              "    </div>\n",
              "  </div>\n"
            ]
          },
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          "execution_count": 31
        }
      ],
      "source": [
        "# Merge dataframes using the 'indicator' parameter\n",
        "merged_df = pd.merge(mutant_regex, wt_regex, how='outer', indicator=True).loc[lambda x: x['_merge'] == 'left_only']\n",
        "\n",
        "# Extract rows from wt_regex that are not present in mutant_regex\n",
        "merged_df.drop('_merge', axis=1)"
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      "source": [
        "The PALB2 interaction motif involved in the repair of DNA double strand breaks (ELME000413) is lost in the carcinogenic mutant. The mutated region might have gained a different motif (ELME000007) not involved in DNA repair."
      ],
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        "id": "-2VpQNtoti8T"
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      "metadata": {
        "id": "ABYkCJNIudHr"
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