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2023-12-03 |
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本周话题：中国为什么没有世界一流的研究型医科大学
8月12日，首都医科大学和首都医学科学创新中心联合举办的“2023年医学研究暑期培训班”落幕。围绕着“中国为什么没有世界一流的研究性医科大学？”、“到底是先培养临床能力？还是科研能力？”、“怎样建立新型的医学人才培养模式”、“要不要办4+4学制”等多个关键问题，在首都医学科学创新中心创建人梅林的主持下，北京生命科学研究所所长王晓东、首都医科大学附属北京天坛医院院长王拥军、北京大学常务副校长乔杰、首都医科大学校长饶毅、首都医科大学特聘校长助理廖新生进行了深入的交流。
@ShixiangWang - 就我观察而言，医学生的培养工作需要更为脚踏实地，去芜存菁。去掉一些形式主义的机制，分开系统培养临床和科研能力，建立完善灵活的选择机制、评价机制、退出机制等等。不能因为不想搞科研就断掉好医生的晋升、也不能只想搞科研而不提供机会。
1、Science | 大数据算法一次性发现了188种新型CRISPR-Cas系统
本研究中张锋团开发了一种基于快速局部敏感哈希聚类算法（FLSHclust），通过对现有的三个公共数据库（包含各种不同寻常的细菌的数据）进行挖掘，该算法中识别出了188种新型CRISPR系统。同时，研究团队对其中4个系统进行了详细表征，这些新系统可能被用来编辑哺乳动物细胞，其脱靶效应比目前的CRISPR-Cas9系统要少，也有可能在被用于诊断或用来记录细胞内部活动。
2、Nature Genetics | 环状染色体外DNA促进肿瘤异质性
美国加利福尼亚大学圣迭戈分校医学系的Lukas Chavez教授团队通过回顾性分析髓母细胞瘤的WGS和临床结果数据，揭示了髓母细胞瘤中ecDNA的频率和多样性，阐明了ecDNA在髓母细胞瘤发病机制中的分子作用。
3、Nature Cancer | 基因网络标记物模型预测乳腺癌病人对HDAC6抑制剂Ricolinostat的反应
来自美国西奈山伊坎医学院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）的Jose Silva研究团队、来自美国圣裘德儿童研究医院（St. Jude Children’s Research Hospital）的于吉洋研究团队以及来自哥伦比亚大学欧文医学中心（Columbia University Irving Medical Center）的Kevin Kalinsky研究团队在Nature Cancer发表了题为Network-based assessment of HDAC6 activity is highly predictive of pre-clinical and clinical response to the HDAC6 inhibitor ricolinostat的研究论文。该研究基于乳腺癌基因调控网络开发了新的药物敏感度预测模型，可准确预测临床前及临床样本对Ricolinostat的治疗反应。同时该研究通过开展Ib期临床试验证明了Ricolinostat与紫杉醇（Paclitaxel）联合用药方案治疗乳腺癌的安全性与有效性，并通过多组学数据分析揭示了Ricolinostat抑制乳腺癌肿瘤发生发展的新机制。
西湖大学校长、中国科学院院士施一公首部作品《自我突围》出版发行，并引起社会关注。书中，施一公写到，父亲为其取名为“一公”，是取意“一心为公”，“父亲赋予这个名字的寓意，在我一生中的很多重要关头，潜移默化地影响着我的选择。”此外，施一公在书中写到了自己一些不为人熟知的青年时期经历。比如，大学时期父亲去世后，面对现实问题，他一度不再想规规矩矩做一名科学家，在当时“从政必先经商”的观念影响下，曾打算先经商再从政，最终又在经历变数后决定赴美留学，走上学术道路。
在基因组学以及许多其他经济学或大数据领域，我们经常尝试绘制大矩阵，即比设备中拥有的像素更多的列和/或行的矩阵。例如，如果我们有一个50列矩阵，每个基因一行（~20,000行），那么这个矩阵中的行可能比高清屏幕中的1080垂直像素还要多。绘制屏幕上线条多于像素的矩阵的问题恰恰是：每个像素必须代表矩阵中的几个值。在这种情况下，R的默认参数可能不适合我们准备展示的内容。本文就将介绍如何通过对R代码的调整来改善这个问题。
6、提问的智慧
当你拋出一个技术问题时，最终是否能得到有用的回答，往往取决于你所提问和追问的方式。本指南将教你如何正确地提问以获得你满意的答案。
该文作者备考雅思拿到了 7 分的成绩，完整的复习时间大概在一个半月左右，没有参加辅导机构，全靠网上搜罗的资料来学习。现在将自己用到的资料和做题方法分享给大家，希望能给备考雅思的小伙伴带来一些帮助，让大家少走弯路，高效提分。
深度操作系统 V23 发布了首个 Alpha 版本，这是 V23 的阶段性版本（该新闻已过时，目前已更新到 Beta 2 版本）。公告写道，设计上，deepin V23 基于最新的 “行云设计” 理念，从 UI 界面、交互体验上，为用户呈现崭新视界；功能上，积极响应社区用户反馈的需求，开发并集成许多实用功能，满足用户在更多场景下的使用需求。其他变化包括对大量使用问题进行修复，部分预装应用替换为玲珑包格式，使系统兼容性与流畅性全面提升。
9、Regexper
一个正则表达式的在线测试网站。
Docusaurus是一个基于React的静态网站生成工具，通过它能够快速构建一个网站包括个人网站，产品，博客，市场落地页等。
11、Sepia Search
Sepia Search 提供了搜索许多视频资源网站的引擎。
12、[庄闪闪的可视化手册](https://liangliangzhuang.github.io/R-tutorial/index.html)
这本电子书是《庄闪闪的可视化笔记》。主要内容来自一次市场调查大赛公益课程的教学内容。
这个文稿主要是在一次公益课上整理出来的。经过一年的时候，在实践中添加了一些新的内容，希望能为各位科研人提供一些参考。
13、[HTTP testing in R](https://books.ropensci.org/http-testing/index.html)
这本书旨在成为访问网络资源的R软件包开发人员的免费中央参考，以帮助他们进行更快、更强大的开发。我们的目标是开发一个有用的指南，以搭配最近的伟大工具vcr、webmockr、httptest、httptest2和webfakes。
- 2023 - 生信爱好者周刊（第 62 期）：回望与兔年寄语
「Openbiox 生信周刊」运维小队：
@ShixiangWang（王诗翔）@kkjtmac（阚科佳）@NiEntropy（赵启祥）@He-Kai-fly（何凯）@JnanZhang（张佳楠）@Tomcxf（陈啸枫）@wangdepin（王德品）@kongjianyang（空间阳）
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（完）