config.yaml

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########################          SAMPLES          ###############################
##################################################################################
samples: '348 349 356 359 3D234 3D257 3D358 3D368 3D378 3D67 3D69 3D78
          4D23 4D4 4D5 4D8 R332449 R348419 R489143 R484898 R462334
          R460187 R340020 R339364'

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########################        STEP NAMES         ###############################
##################################################################################
step1: s2B # sam to bam conversion
step2: vC # variant calling - freebayes
step3: ciVCF # convert and index vcf
step4: filterVCF # filter SNPs
step5: isec # intersections by family

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###########################        INFO        ###################################
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## Directories
# Base data dir
base_dir: /home/jac/

# Change to location of all raw .sam files
raw_data_dir: /home/jac/raw/

# Path to reference genome
ref_genome: /home/jac/raw/jac_Q15_x150_y12_z3_StrainX.unpadded.fasta

# Path to input bam files
bam_files: /home/jac/raw/s2B/