snp-sites_analysis.sh

###输入文件为多重fasta比对文件，所有序列长度相同且已经比对过
##比对文件可根据一致性的参考基因组序列比对生成，或使用多重比对工具，muscle，prank，mafft，clustalW生成
###默认输出格式为多重比对fasta文件，同时输出也可为PHYLIP格式或VCF格式
###PHYLIP格式输出可用于RAxML软件输入，用于构建系统发育树
###VCF格式输出保留了每个样本中SNPs位置信息，可使用BCFtools软件分析，或使用PLINK做GWAS分析

###snp-sites运行中，每个输入序列依次读取；第一步生成consensus sequence；第二步将每个输入序列与之比较，标记下差异位置信息。若输入序列存在未知或gap(n/N/?/-)，该碱基判定为一个非变异位置(non-variant)

##-r 输出pseudo参考序列
##-m 输出多重比对
##-v 输出vcf文件
##-p 输出phylip文件
##-o 指定输出文件前缀
##-b 输出monomorphic 位置，用于BEAST

##创建用于BEAST的输入文件
#snp-sites -cb -o outfile.aln inputfile.aln

muscle -in beta-KPC.fasta -out beta-KPC.align
snp-sites -vp -o kpc.snp beta-KPC.align