-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathMAF_sampleFile_per_SNPs.txt
401 lines (401 loc) · 19.2 KB
/
MAF_sampleFile_per_SNPs.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
SNPname ReferenceAlleleCount AlternateAlleleCount SUM_AllelesCount FreqREF FreqALTR MAF
SNP103 13 3335 3348 0.00388292 0.996117 0.00388292
SNP104 3364 3237 6601 0.50962 0.49038 0.49038
SNP105 8587 19 8606 0.997792 0.00220776 0.002208
SNP106 5737 2 5739 0.999652 0.000348493 0.000348
SNP107 4125 5 4130 0.998789 0.00121065 0.001211
SNP108 4411 4585 8996 0.490329 0.509671 0.490329
SNP109 0 5349 5349 0 1 0
SNP11 5 9364 9369 0.000533675 0.999466 0.000533675
SNP110 2921 3079 6000 0.486833 0.513167 0.486833
SNP111 3712 3785 7497 0.495131 0.504869 0.495131
SNP112 2154 2035 4189 0.514204 0.485796 0.485796
SNP113 1562 1508 3070 0.508795 0.491205 0.491205
SNP115 1032 1128 2160 0.477778 0.522222 0.477778
SNP116 1777 2345 4122 0.431101 0.568899 0.431101
SNP119 440 377 817 0.538556 0.461444 0.461444
SNP12 2665 2355 5020 0.530876 0.469124 0.469124
SNP121 5786 0 5786 1 0 0
SNP123 4790 4862 9652 0.49627 0.50373 0.49627
SNP124 948 1 949 0.998946 0.00105374 0.001054
SNP125 8 5984 5992 0.00133511 0.998665 0.00133511
SNP126 2639 2789 5428 0.486183 0.513817 0.486183
SNP127 2392 2305 4697 0.509261 0.490739 0.490739
SNP128 2 3991 3993 0.000500877 0.999499 0.000500877
SNP129 18 8311 8329 0.00216112 0.997839 0.00216112
SNP13 9519 8 9527 0.99916 0.000839719 0.00084
SNP130 3040 3307 6347 0.478966 0.521034 0.478966
SNP131 2180 2231 4411 0.494219 0.505781 0.494219
SNP132 7652 7749 15401 0.496851 0.503149 0.496851
SNP133 4477 4683 9160 0.488755 0.511245 0.488755
SNP134 5369 3 5372 0.999442 0.000558451 0.000558
SNP136 7539 2 7541 0.999735 0.000265217 0.000265
SNP137 4713 0 4713 1 0 0
SNP138 5228 4896 10124 0.516397 0.483603 0.483603
SNP14 5 5864 5869 0.000851934 0.999148 0.000851934
SNP140 496 504 1000 0.496 0.504 0.496
SNP141 2315 2653 4968 0.465982 0.534018 0.465982
SNP142 1286 1213 2499 0.514606 0.485394 0.485394
SNP143 1367 1644 3011 0.454002 0.545998 0.454002
SNP145 2409 2753 5162 0.46668 0.53332 0.46668
SNP147 3187 3791 6978 0.456721 0.543279 0.456721
SNP148 0 4141 4141 0 1 0
SNP149 6404 1 6405 0.999844 0.000156128 0.000156
SNP150 1191 1504 2695 0.441929 0.558071 0.441929
SNP151 726 0 726 1 0 0
SNP154 2603 2700 5303 0.490854 0.509146 0.490854
SNP156 4962 3596 8558 0.579808 0.420192 0.420192
SNP157 3936 3438 7374 0.533767 0.466233 0.466233
SNP158 0 4480 4480 0 1 0
SNP16 0 4307 4307 0 1 0
SNP160 2064 1332 3396 0.607774 0.392226 0.392226
SNP161 4218 4 4222 0.999053 0.000947418 0.000947
SNP162 3636 3253 6889 0.527798 0.472202 0.472202
SNP163 9138 5 9143 0.999453 0.000546866 0.000547
SNP164 2 4973 4975 0.00040201 0.999598 0.00040201
SNP165 1395 1486 2881 0.484207 0.515793 0.484207
SNP166 2522 2739 5261 0.479377 0.520623 0.479377
SNP167 3285 3813 7098 0.462806 0.537194 0.462806
SNP17 1 2502 2503 0.000399521 0.9996 0.000399521
SNP172 10 10364 10374 0.000963948 0.999036 0.000963948
SNP176 3413 2666 6079 0.561441 0.438559 0.438559
SNP178 3 6731 6734 0.0004455 0.999554 0.0004455
SNP180 3922 4944 8866 0.442364 0.557636 0.442364
SNP181 4786 5171 9957 0.480667 0.519333 0.480667
SNP182 6195 7 6202 0.998871 0.00112867 0.001129
SNP184 1227 1438 2665 0.460413 0.539587 0.460413
SNP186 195 243 438 0.445205 0.554795 0.445205
SNP187 4596 4536 9132 0.503285 0.496715 0.496715
SNP189 4 2350 2354 0.00169924 0.998301 0.00169924
SNP191 3 5754 5757 0.000521105 0.999479 0.000521105
SNP193 1178 1213 2391 0.492681 0.507319 0.492681
SNP194 3820 3305 7125 0.53614 0.46386 0.46386
SNP195 2 4089 4091 0.000488878 0.999511 0.000488878
SNP196 0 6108 6108 0 1 0
SNP197 6592 1 6593 0.999848 0.000151676 0.000152
SNP198 5658 0 5658 1 0 0
SNP199 0 1841 1841 0 1 0
SNP2 4710 4219 8929 0.527495 0.472505 0.472505
SNP20 2 2593 2595 0.000770713 0.999229 0.000770713
SNP200 2944 2 2946 0.999321 0.000678887 0.000679
SNP202 2 5539 5541 0.000360946 0.999639 0.000360946
SNP203 0 4422 4422 0 1 0
SNP204 3166 3329 6495 0.487452 0.512548 0.487452
SNP205 6089 5 6094 0.99918 0.000820479 0.00082
SNP206 6577 1 6578 0.999848 0.000152022 0.000152
SNP207 1 3227 3228 0.000309789 0.99969 0.000309789
SNP208 2126 1914 4040 0.526238 0.473762 0.473762
SNP210 2037 0 2037 1 0 0
SNP212 1005 1080 2085 0.482014 0.517986 0.482014
SNP213 5253 0 5253 1 0 0
SNP214 1562 1474 3036 0.514493 0.485507 0.485507
SNP215 5 3936 3941 0.00126871 0.998731 0.00126871
SNP216 846 2217 3063 0.2762 0.7238 0.2762
SNP217 2638 0 2638 1 0 0
SNP218 1780 1823 3603 0.494033 0.505967 0.494033
SNP219 5119 0 5119 1 0 0
SNP22 12 12493 12505 0.000959616 0.99904 0.000959616
SNP221 1152 1337 2489 0.462836 0.537164 0.462836
SNP222 4387 2 4389 0.999544 0.000455685 0.000456
SNP224 0 2611 2611 0 1 0
SNP225 421 442 863 0.487833 0.512167 0.487833
SNP226 2669 2968 5637 0.473479 0.526521 0.473479
SNP227 0 1719 1719 0 1 0
SNP228 2244 2474 4718 0.475625 0.524375 0.475625
SNP23 10548 32 10580 0.996975 0.00302457 0.003025
SNP230 0 3304 3304 0 1 0
SNP232 6144 0 6144 1 0 0
SNP234 6677 3 6680 0.999551 0.000449102 0.000449
SNP235 314 356 670 0.468657 0.531343 0.468657
SNP237 1232 1248 2480 0.496774 0.503226 0.496774
SNP238 1801 1927 3728 0.483101 0.516899 0.483101
SNP24 4394 5056 9450 0.464974 0.535026 0.464974
SNP242 0 10902 10902 0 1 0
SNP243 1 5572 5573 0.000179437 0.999821 0.000179437
SNP244 5613 0 5613 1 0 0
SNP245 1 5249 5250 0.000190476 0.99981 0.000190476
SNP246 4861 5390 10251 0.474198 0.525802 0.474198
SNP247 2255 2168 4423 0.509835 0.490165 0.490165
SNP248 8 10795 10803 0.000740535 0.999259 0.000740535
SNP250 5740 5 5745 0.99913 0.000870322 0.00087
SNP251 1861 1541 3402 0.547031 0.452969 0.452969
SNP252 2101 2404 4505 0.466371 0.533629 0.466371
SNP253 2090 1750 3840 0.544271 0.455729 0.455729
SNP255 623 682 1305 0.477395 0.522605 0.477395
SNP256 5186 5465 10651 0.486903 0.513097 0.486903
SNP257 2575 2785 5360 0.48041 0.51959 0.48041
SNP258 2758 2606 5364 0.514169 0.485831 0.485831
SNP259 12307 1 12308 0.999919 8.1248e-05 8.1e-05
SNP26 2111 2104 4215 0.50083 0.49917 0.49917
SNP260 4324 3 4327 0.999307 0.000693321 0.000693
SNP262 1 1791 1792 0.000558036 0.999442 0.000558036
SNP263 2059 1823 3882 0.530397 0.469603 0.469603
SNP264 1220 1478 2698 0.452187 0.547813 0.452187
SNP265 777 0 777 1 0 0
SNP266 1892 1978 3870 0.488889 0.511111 0.488889
SNP267 9287 0 9287 1 0 0
SNP268 2536 2531 5067 0.500493 0.499507 0.499507
SNP27 0 1397 1397 0 1 0
SNP270 4045 3475 7520 0.537899 0.462101 0.462101
SNP271 2447 2489 4936 0.495746 0.504254 0.495746
SNP272 1 3895 3896 0.000256674 0.999743 0.000256674
SNP273 941 1181 2122 0.44345 0.55655 0.44345
SNP275 2 5938 5940 0.0003367 0.999663 0.0003367
SNP276 1849 1980 3829 0.482894 0.517106 0.482894
SNP277 3265 3770 7035 0.464108 0.535892 0.464108
SNP278 2172 2472 4644 0.4677 0.5323 0.4677
SNP279 0 7537 7537 0 1 0
SNP28 1791 2131 3922 0.456655 0.543345 0.456655
SNP281 4833 2 4835 0.999586 0.00041365 0.000414
SNP282 0 7284 7284 0 1 0
SNP283 3 3105 3108 0.000965251 0.999035 0.000965251
SNP284 9 6436 6445 0.00139643 0.998604 0.00139643
SNP285 3506 2 3508 0.99943 0.000570125 0.00057
SNP287 4 7019 7023 0.000569557 0.99943 0.000569557
SNP289 3113 3120 6233 0.499438 0.500562 0.499438
SNP29 5089 3 5092 0.999411 0.000589159 0.000589
SNP292 2268 1862 4130 0.549153 0.450847 0.450847
SNP293 8823 2 8825 0.999773 0.000226629 0.000227
SNP294 2198 1901 4099 0.536228 0.463772 0.463772
SNP295 7134 0 7134 1 0 0
SNP296 10348 1 10349 0.999903 9.66277e-05 9.7e-05
SNP298 1735 1743 3478 0.49885 0.50115 0.49885
SNP299 1621 1807 3428 0.47287 0.52713 0.47287
SNP3 5 2718 2723 0.00183621 0.998164 0.00183621
SNP30 2422 2590 5012 0.48324 0.51676 0.48324
SNP300 1 3512 3513 0.000284657 0.999715 0.000284657
SNP301 4678 4689 9367 0.499413 0.500587 0.499413
SNP302 2 5252 5254 0.000380662 0.999619 0.000380662
SNP303 1 8461 8462 0.000118175 0.999882 0.000118175
SNP304 0 2938 2938 0 1 0
SNP306 1 3838 3839 0.000260485 0.99974 0.000260485
SNP307 3 6164 6167 0.00048646 0.999514 0.00048646
SNP308 1424 1564 2988 0.476573 0.523427 0.476573
SNP31 3825 6 3831 0.998434 0.00156617 0.001566
SNP310 5435 5 5440 0.999081 0.000919118 0.000919
SNP311 3880 0 3880 1 0 0
SNP313 2069 2492 4561 0.453629 0.546371 0.453629
SNP316 3253 5 3258 0.998465 0.00153468 0.001535
SNP317 3226 3 3229 0.999071 0.00092908 0.000929
SNP319 2318 2235 4553 0.509115 0.490885 0.490885
SNP32 3232 2540 5772 0.559945 0.440055 0.440055
SNP320 5762 5868 11630 0.495443 0.504557 0.495443
SNP321 2600 2540 5140 0.505837 0.494163 0.494163
SNP322 773 645 1418 0.545134 0.454866 0.454866
SNP323 0 5534 5534 0 1 0
SNP326 7931 0 7931 1 0 0
SNP327 4369 0 4369 1 0 0
SNP328 4719 29 4748 0.993892 0.00610783 0.006108
SNP329 3461 2754 6215 0.556879 0.443121 0.443121
SNP331 11 684 695 0.0158273 0.984173 0.0158273
SNP332 3140 2641 5781 0.543159 0.456841 0.456841
SNP333 3739 3922 7661 0.488056 0.511944 0.488056
SNP335 3497 3781 7278 0.480489 0.519511 0.480489
SNP336 3 5522 5525 0.000542986 0.999457 0.000542986
SNP337 2298 1827 4125 0.557091 0.442909 0.442909
SNP338 5153 0 5153 1 0 0
SNP340 2716 3184 5900 0.460339 0.539661 0.460339
SNP342 4201 1 4202 0.999762 0.000237982 0.000238
SNP343 6097 6465 12562 0.485353 0.514647 0.485353
SNP346 2631 2594 5225 0.503541 0.496459 0.496459
SNP347 2229 1977 4206 0.529957 0.470043 0.470043
SNP349 2542 2725 5267 0.482628 0.517372 0.482628
SNP350 2737 2917 5654 0.484082 0.515918 0.484082
SNP353 6412 83 6495 0.987221 0.0127791 0.012779
SNP354 3 2382 2385 0.00125786 0.998742 0.00125786
SNP355 3 1999 2002 0.0014985 0.998501 0.0014985
SNP358 2318 2281 4599 0.504023 0.495977 0.495977
SNP359 3 3609 3612 0.000830565 0.999169 0.000830565
SNP36 7573 1 7574 0.999868 0.000132031 0.000132
SNP361 4 6728 6732 0.000594177 0.999406 0.000594177
SNP365 1 6099 6100 0.000163934 0.999836 0.000163934
SNP366 2262 1976 4238 0.533742 0.466258 0.466258
SNP367 2428 2449 4877 0.497847 0.502153 0.497847
SNP368 3882 3137 7019 0.55307 0.44693 0.44693
SNP370 2749 3429 6178 0.444966 0.555034 0.444966
SNP371 4284 4174 8458 0.506503 0.493497 0.493497
SNP372 3816 3896 7712 0.494813 0.505187 0.494813
SNP373 5115 5124 10239 0.499561 0.500439 0.499561
SNP374 0 3744 3744 0 1 0
SNP375 4333 3730 8063 0.537393 0.462607 0.462607
SNP376 7677 2 7679 0.99974 0.000260451 0.00026
SNP378 1538 2103 3641 0.422411 0.577589 0.422411
SNP38 9 5561 5570 0.0016158 0.998384 0.0016158
SNP380 3374 1 3375 0.999704 0.000296296 0.000296
SNP382 5263 4 5267 0.999241 0.000759446 0.000759
SNP383 793 808 1601 0.495315 0.504685 0.495315
SNP384 7234 8 7242 0.998895 0.00110467 0.001105
SNP385 3448 3512 6960 0.495402 0.504598 0.495402
SNP386 2307 2366 4673 0.493687 0.506313 0.493687
SNP387 3479 3201 6680 0.520808 0.479192 0.479192
SNP389 2276 2715 4991 0.456021 0.543979 0.456021
SNP39 7 8816 8823 0.000793381 0.999207 0.000793381
SNP390 7870 1 7871 0.999873 0.000127049 0.000127
SNP391 2767 2944 5711 0.484504 0.515496 0.484504
SNP392 2 4212 4214 0.000474608 0.999525 0.000474608
SNP394 0 6429 6429 0 1 0
SNP395 0 10351 10351 0 1 0
SNP396 0 5730 5730 0 1 0
SNP397 0 4059 4059 0 1 0
SNP4 0 1008 1008 0 1 0
SNP40 2453 2607 5060 0.484783 0.515217 0.484783
SNP400 2864 2442 5306 0.539766 0.460234 0.460234
SNP401 1207 1310 2517 0.479539 0.520461 0.479539
SNP402 2159 1998 4157 0.519365 0.480635 0.480635
SNP403 5172 5687 10859 0.476287 0.523713 0.476287
SNP405 8760 3 8763 0.999658 0.000342349 0.000342
SNP406 10115 4 10119 0.999605 0.000395296 0.000395
SNP407 5601 0 5601 1 0 0
SNP41 2643 2118 4761 0.555135 0.444865 0.444865
SNP411 6971 0 6971 1 0 0
SNP412 1762 2146 3908 0.45087 0.54913 0.45087
SNP414 3254 3443 6697 0.485889 0.514111 0.485889
SNP415 1467 1483 2950 0.497288 0.502712 0.497288
SNP416 4295 5003 9298 0.461927 0.538073 0.461927
SNP417 11175 0 11175 1 0 0
SNP418 5080 5 5085 0.999017 0.000983284 0.000983
SNP419 1197 1323 2520 0.475 0.525 0.475
SNP42 7 5420 5427 0.00128985 0.99871 0.00128985
SNP421 4576 5 4581 0.998909 0.00109146 0.001091
SNP422 5403 109 5512 0.980225 0.019775 0.019775
SNP424 5281 1 5282 0.999811 0.000189322 0.000189
SNP427 3411 3929 7340 0.464714 0.535286 0.464714
SNP428 4305 1 4306 0.999768 0.000232234 0.000232
SNP429 6896 5 6901 0.999275 0.000724533 0.000725
SNP432 2004 2238 4242 0.472419 0.527581 0.472419
SNP434 10706 0 10706 1 0 0
SNP438 14220 5 14225 0.999649 0.000351494 0.000351
SNP440 5199 121 5320 0.977256 0.0227444 0.022744
SNP441 3306 3138 6444 0.513035 0.486965 0.486965
SNP443 0 3950 3950 0 1 0
SNP444 1835 2676 4511 0.406783 0.593217 0.406783
SNP445 0 6414 6414 0 1 0
SNP446 6797 1 6798 0.999853 0.000147102 0.000147
SNP447 3 8532 8535 0.000351494 0.999649 0.000351494
SNP448 2 4783 4785 0.000417973 0.999582 0.000417973
SNP45 5 3586 3591 0.00139237 0.998608 0.00139237
SNP450 10778 8 10786 0.999258 0.000741702 0.000742
SNP451 6 10541 10547 0.000568882 0.999431 0.000568882
SNP452 1888 2308 4196 0.449952 0.550048 0.449952
SNP453 2 9526 9528 0.000209908 0.99979 0.000209908
SNP454 1 5820 5821 0.000171792 0.999828 0.000171792
SNP455 3317 6 3323 0.998194 0.0018056 0.001806
SNP457 3 6650 6653 0.000450924 0.999549 0.000450924
SNP458 3 6954 6957 0.00043122 0.999569 0.00043122
SNP46 2385 2072 4457 0.535113 0.464887 0.464887
SNP461 1258 1137 2395 0.525261 0.474739 0.474739
SNP464 3428 2991 6419 0.53404 0.46596 0.46596
SNP467 0 5395 5395 0 1 0
SNP47 5 4989 4994 0.0010012 0.998999 0.0010012
SNP471 1207 1303 2510 0.480876 0.519124 0.480876
SNP472 3653 3352 7005 0.521485 0.478515 0.478515
SNP474 7941 10 7951 0.998742 0.0012577 0.001258
SNP475 1786 1852 3638 0.490929 0.509071 0.490929
SNP476 1046 1472 2518 0.415409 0.584591 0.415409
SNP48 536 822 1358 0.394698 0.605302 0.394698
SNP482 1 2484 2485 0.000402414 0.999598 0.000402414
SNP484 0 1937 1937 0 1 0
SNP486 3688 3552 7240 0.509392 0.490608 0.490608
SNP487 9627 1 9628 0.999896 0.000103864 0.000104
SNP489 5731 6142 11873 0.482692 0.517308 0.482692
SNP49 8851 9 8860 0.998984 0.0010158 0.001016
SNP490 4 40 44 0.0909091 0.909091 0.0909091
SNP491 4777 5124 9901 0.482477 0.517523 0.482477
SNP492 2636 0 2636 1 0 0
SNP493 3400 3449 6849 0.496423 0.503577 0.496423
SNP494 3016 2830 5846 0.515908 0.484092 0.484092
SNP495 1308 1810 3118 0.4195 0.5805 0.4195
SNP497 5259 0 5259 1 0 0
SNP498 4886 0 4886 1 0 0
SNP499 2713 3056 5769 0.470272 0.529728 0.470272
SNP50 1622 1387 3009 0.53905 0.46095 0.46095
SNP501 5793 0 5793 1 0 0
SNP503 2269 2158 4427 0.512537 0.487463 0.487463
SNP504 5003 0 5003 1 0 0
SNP506 2140 1678 3818 0.560503 0.439497 0.439497
SNP507 3054 2604 5658 0.539767 0.460233 0.460233
SNP508 4073 3 4076 0.999264 0.000736016 0.000736
SNP509 2509 2391 4900 0.512041 0.487959 0.487959
SNP51 2039 2099 4138 0.49275 0.50725 0.49275
SNP511 7613 7 7620 0.999081 0.000918635 0.000919
SNP512 698 779 1477 0.47258 0.52742 0.47258
SNP513 3641 3159 6800 0.535441 0.464559 0.464559
SNP514 0 5772 5772 0 1 0
SNP515 3670 3887 7557 0.485642 0.514358 0.485642
SNP517 4434 1 4435 0.999775 0.000225479 0.000225
SNP518 2 6398 6400 0.0003125 0.999687 0.0003125
SNP519 3928 3675 7603 0.516638 0.483362 0.483362
SNP52 1554 1530 3084 0.503891 0.496109 0.496109
SNP520 4792 89 4881 0.981766 0.018234 0.018234
SNP522 6 7704 7710 0.00077821 0.999222 0.00077821
SNP524 5924 1 5925 0.999831 0.000168776 0.000169
SNP528 5814 8 5822 0.998626 0.0013741 0.001374
SNP531 2003 2314 4317 0.46398 0.53602 0.46398
SNP533 4440 0 4440 1 0 0
SNP534 6650 0 6650 1 0 0
SNP535 5432 0 5432 1 0 0
SNP536 11005 51 11056 0.995387 0.00461288 0.004613
SNP537 1421 1380 2801 0.507319 0.492681 0.492681
SNP538 0 4710 4710 0 1 0
SNP539 2 9648 9650 0.000207254 0.999793 0.000207254
SNP540 3939 3381 7320 0.538115 0.461885 0.461885
SNP544 2090 1840 3930 0.531807 0.468193 0.468193
SNP545 1900 2354 4254 0.446638 0.553362 0.446638
SNP546 1819 2170 3989 0.456004 0.543996 0.456004
SNP548 2529 1979 4508 0.561003 0.438997 0.438997
SNP549 1 3609 3610 0.000277008 0.999723 0.000277008
SNP55 10 7463 7473 0.00133815 0.998662 0.00133815
SNP552 4060 88 4148 0.978785 0.021215 0.021215
SNP553 2111 2162 4273 0.494032 0.505968 0.494032
SNP554 2896 2000 4896 0.591503 0.408497 0.408497
SNP558 3501 3328 6829 0.512667 0.487333 0.487333
SNP56 0 8005 8005 0 1 0
SNP560 1803 1875 3678 0.490212 0.509788 0.490212
SNP563 3500 3458 6958 0.503018 0.496982 0.496982
SNP564 0 7070 7070 0 1 0
SNP565 1 3085 3086 0.000324044 0.999676 0.000324044
SNP566 9840 1 9841 0.999898 0.000101616 0.000102
SNP567 1921 1901 3822 0.502616 0.497384 0.497384
SNP568 3 4476 4479 0.000669792 0.99933 0.000669792
SNP57 8058 6727 14785 0.545012 0.454988 0.454988
SNP571 2910 2856 5766 0.504683 0.495317 0.495317
SNP574 3805 4 3809 0.99895 0.00105014 0.00105
SNP575 2 8310 8312 0.000240616 0.999759 0.000240616
SNP576 1688 1648 3336 0.505995 0.494005 0.494005
SNP578 2317 2423 4740 0.488819 0.511181 0.488819
SNP58 8022 7 8029 0.999128 0.00087184 0.000872
SNP580 3597 0 3597 1 0 0
SNP581 4077 1 4078 0.999755 0.000245218 0.000245
SNP584 2708 2641 5349 0.506263 0.493737 0.493737
SNP585 1 4797 4798 0.00020842 0.999792 0.00020842
SNP586 4429 0 4429 1 0 0
SNP587 0 4094 4094 0 1 0
SNP59 8 6084 6092 0.0013132 0.998687 0.0013132
SNP6 2840 86 2926 0.970608 0.0293917 0.029392
SNP62 2989 3084 6073 0.492178 0.507822 0.492178
SNP63 5113 6 5119 0.998828 0.0011721 0.001172
SNP65 28 9777 9805 0.00285569 0.997144 0.00285569
SNP69 3473 3873 7346 0.472774 0.527226 0.472774
SNP70 1507 1455 2962 0.508778 0.491222 0.491222
SNP71 3529 0 3529 1 0 0
SNP72 1226 1328 2554 0.480031 0.519969 0.480031
SNP73 14 5299 5313 0.00263505 0.997365 0.00263505
SNP75 5975 126 6101 0.979348 0.0206524 0.020652
SNP76 0 2376 2376 0 1 0
SNP78 28 8345 8373 0.00334408 0.996656 0.00334408
SNP81 2802 2808 5610 0.499465 0.500535 0.499465
SNP83 8 13259 13267 0.000603 0.999397 0.000603
SNP84 5 3577 3582 0.00139587 0.998604 0.00139587
SNP87 9487 10 9497 0.998947 0.00105296 0.001053
SNP88 2972 2614 5586 0.532044 0.467956 0.467956
SNP89 3248 3471 6719 0.483405 0.516595 0.483405
SNP9 2410 2561 4971 0.484812 0.515188 0.484812
SNP90 1642 1595 3237 0.50726 0.49274 0.49274
SNP91 10 5757 5767 0.001734 0.998266 0.001734
SNP92 8477 8 8485 0.999057 0.00094284 0.000943
SNP93 4582 1 4583 0.999782 0.000218198 0.000218
SNP94 2285 2 2287 0.999125 0.000874508 0.000875
SNP96 0 1444 1444 0 1 0
SNP97 2877 0 2877 1 0 0
SNP98 7196 3 7199 0.999583 0.000416725 0.000417
SNP99 0 4791 4791 0 1 0