gtf2utrs.py

#!/usr/bin/env python
from optparse import OptionParser

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# gtf2utrs.py
#
# Take a gtf file with exons and CDS annotated and return a gtf of the UTRs.
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# main
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def main():
    usage = 'usage: %prog [options] <gtf file>'
    parser = OptionParser(usage)
    #parser.add_option()
    (options,args) = parser.parse_args()

    if len(args) != 1:
        parser.error('Must provide gtf file')
    else:
        gtf_file = args[0]
    

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# __main__
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if __name__ == '__main__':
    main()