Skip to content

Files

Latest commit

author
Martin Daniel
Jan 22, 2019
1974733 · Jan 22, 2019

History

History

data

Data Directory

Sommaire

Dataset

Le dataset contient les données relatives à 411 transplantations pulmonaires ayant été réalisées par les équipes de l'hôpital Foch depuis Janvier 2012. Elles sont issues de la collecte manuelle d'information de la part des équipes médicales, ou de l'export automatique d'instruments de mesure lors de l'opération.

Les données ont été divisées en deux principales catégories :

  • Variables Statiques : elles représentent les données charactéristiques du patient et de son donneur. Ces variables sont "figées" dans le temps, la table clean/static.csv correspondante contient donc une seule ligne pour chacun des 411 patients.
  • Variables Dynamiques : elles représentent les mesures prises chaque minute par les instruments de mesure lors de l'opération. Elles sont évolutives dans le temps, la table clean/dynamic.csv correspondante contient donc plusieurs lignes par patient, chacune identifiée par un timestamp.

Pour plus de clarté, ces données ont été subdivisées en plusieurs catégories. Elle sont décrites dans la documentation en annexe. Les catégories sont les suivantes :

Usage

Organisation du dossier data

  • clean : dossier contenant les .csv des variables statiques et dynamiques nettoyées.
  • raw : dossier contenant les données brutes (raw).

Pour générer les clean à partir des données brutes

python transplant/data/build_clean_from_raw_data.py

Pour importer les données statiques et dynamiques

from transplant.config import PATH_STATIC_CLEAN, PATH_DYNAMIC_CLEAN

df_static = pd.read_csv(PATH_STATIC_CLEAN)
df_dynamic = pd.read_csv(PATH_DYNAMIC_CLEAN)

Pour filtrer par sous catégories

Par exemple pour filtrer les données respiratoires dans les données dynamiques :

from transplant.config import PATH_DYNAMIC_CLEAN, DYNAMIC_CATEGORIES

df_dynamic = pd.read_csv(PATH_DYNAMIC_CLEAN)
df_respiratory = df_dynamic[DYNAMIC_CATEGORIES['respiratory']]

Documentation des variables

Variables Statiques

Le fichier clean/static.csv contient des données charactéristiques du patient et de son donneur. Cette table contient une seule ligne pour chacun des 411 patients.

Les patients sont identifiés par la colonne id_patient, ce qui permet de joindre les tables entre elles. Les autres colonnes peuvent être subdivisées en 4 catégories :

  • Patient Preoperative : données charactéristiques du patient avant que l'opération ait été réalisée
  • Patient Intraoperative : données intra-opératoire du patient, référençant les mesures et notes prises lors de l'opération à chaque étape clé (clampage, déclampage).
  • Patient Postoperative : données charactéristiques du patient après que l'opération ait été réalisée
  • Donor : données du donneur d'organe

Ces dernières sont détaillées dans les sections qui suivent.

Patient Preoperative

Colonne Unité Description Etendue Normalité
date_transplantation date date à laquelle a lieu la transplantation
heure_arrivee_bloc HH:MM:SS heure d'arrivée au bloc
pathologie Int Pathologie du patient. muco = 1 , emphyseme/BPCO = 2 , fibroses = 3 , GVH = 4 , DDB = 5 , BOOP/BOS3 = 6 , autres = 7 , ATTENTION, on peut faire une catégorie 9 = 4+5+6+7
age Int continu
sexe Int Sexe du patient. homme = 1 , femme = 0
Poids Int Poids du patient.
Taille Int (en cm) Taille du patient
other_organ_transplantation Int Le patient a subi d'autres transplantations 0 = uniquement poumon ; foie = 1 ; rein = 2
super_urgence Bool Le patient a été admis en super-urgence. oui = 1 , non = 0
retransplant Bool Il s'agit d'une re-transplantation. oui = 1 , non = 0
transplanted_twice_during_study_period oui = 1 , non = 0
time_on_waiting_liste Int Durée d'attente sur la liste d'attente avant d'avoir subi une transplantation (en nombre de jours)
LAS continu
preoperative_ICU oui = 1 , non = 0
preoperative_vasopressor oui = 1 , non = 0
preoperative_mechanical_ventilation oui = 1 , non = 0
ATCD_medicaux text
PFO oui = 1 , non = 0
body_mass_index index
diabetes Bool Le patient est atteint de diabète. oui = 1 , non = 0
preoperative_pulmonary_hypertension oui = 1 , non = 0
PAPS continu
Insuffisance_renale Bool oui = 1 , non = 0
CMV_receveur positif ou negatif
plasmapherese positif ou negatif
preoperative_ECMO oui = 1 , non = 0
ATCD_chirugicaux text
thoracic_surgery_history oui = 1 , non = 0

Patient Intraoperative

Colonne Unité Description Etendue Normalité
exvivo oui = 1 , non = 0
Immunosuppresseurs text
heure_transfert_rea heure
date_sortie_bloc date
duree_sejour_bloc continu
Antibioprophylaxie text
PB_induction oui = 1 , non = 0
Pb_induction_detail text
FIO2_initiale continu
pH_initial continu
PAPS_initiale continu
PA_initiale continu
VT_initial continu
PaCO2_initial continu
PAPM_initiale continu
Fc_initiale continu
FR_initial continu
PaO2_initial continu
PAPD_initiale continu
NORAD_initiale continu
PEEP_initial continu
Bicarbonates_initial continu
NO_initiale oui = 1 , non = 0
Lactate_initial continu
SvO2_initiale continu
Ic_initial continu
Hb_initial continu
Qc_initiale continu
Examen_Echographique_initial text
Problemes_VBP oui = 1 , non = 0
Problemes_VBP_commentaires text
premiere_transplantation_cote DROIT ou GAUCHE
Ventilation_Unipulmonaire_Pb text
FiO2_clampage_cote_1 continu
PH_clampage_cote_1 continu
PAPS_clampage_cote_1 continu
PA_clampage_cote_1 continu
VT_clampage_cote_1 continu
PaCO2_clampage_cote_1 continu
PAPM_clampage_cote_1 continu
FC_clampage_cote_1 continu
Fr_clampage_cote_1 continu
PaO2_clampage_cote_1 continu
PAPD_clampage_cote_1 continu
NORAD_clampage_cote_1 continu
PEEP_clampage_cote_1 continu
Bicarbonates_clampage_cote_1 continu
NO_clampage_cote_1 oui = 1 , non = 0
Evolution_PAP_clampage_cote_1 diminution ou augmentation
Lactates_clampage_cote_1 continu
SvO2_clampage_cote_1 continu
Ic_clampage_cote_1 continu
Hb_clampage_cote_1 continu
Qc_clampage_cote_1 continu
Examen_Echographique_clampage_cote_1 text
evenements_clampage_cote_1 oui = 1 , non = 0
evenements_clampage_cote_1_commentaires text
Heure_declampage_cote1 heure
first_lung_ischemic_time continu
FiO2_declampage_cote1 continu
PH_declampage_cote_1 continu
PAPS_declampage_cote_1 continu
PA _declampage_cote_1 continu
VT_declampage_cote_1 continu
PaCO2_declampage_cote_1 continu
PAPM_declampage_cote_1 continu
FC_declampage_cote_1 continu
Fr_declampage_cote_1 continu
PaO2_declampage_cote_1 continu
PAPD_declampage_cote_1 continu
NORAD_declampage_cote_1 continu
PEEP_declampage_cote_1 continu
Bicarbonates_declampage_cote_1 continu
NO_declampage_cote_1 oui = 1 , non = 0
Evolution_PAP_declampage_cote_1 diminution ou augmentation ou stabilité
SvO2_declampage_cote_1 continu
Lactates_declampage_cote_1 continu
Ic_declampage_cote_1 continu
Hb_declampage_cote_1 continu
Qc_declampage_cote_1 continu
Examen_Echographique_declampage_cote_1 text
evenements_declampage_cote_1 oui = 1 , non = 0
evenements_declampage_cote_1_commentaires text
Saigement_estime_declampage_cote1 continu
classification_bullage_1 0 = pas de bulles, 1 = Bullage minime, 2 = bullage modéré, 3 = bullage majeur
duree_bullage_1 < 20 sec ; 20 à 60 sec ; 1 à 3 min ; > 3 min
retentissement_ETO_bullage_1 oui = 1 , non = 0
retentissement_ECG_bullage_1 oui = 1 , non = 0
retentissement_BIS_bullage_1 oui = 1 , non = 0
Retentissement_hemodynamique_bullage_1 oui = 1 , non = 0
deuxieme_transplantation_cote DROIT ou GAUCHE
Ventilation_Unipulmonaire_Pb.1 text
FiO2_clampage_cote_2 continu
PH_clampage_cote_2 continu
PAPS_clampage_cote_2 continu
PA_clampage_cote_2 continu
VT_clampage_cote_2 continu
PaCO2_clampage_cote_2 continu
PAPM_clampage_cote_2 continu
FC_clampage_cote_2 continu
Fr_clampage_cote_2 continu
PaO2_clampage_cote_2 continu
PAPD_clampage_cote_2 continu
NORAD_clampage_cote_2 continu
PEEP_clampage_cote_2 continu
Bicarbonates_clampage_cote_2 continu
NO_clampage_cote_2 oui = 1 , non = 0
Evolution_PAP_clampage_cote_2 diminution ou augmentation ou stabilité
Lactates_clampage_cote_2 continu
SvO2_clampage_cote_2 continu
Ic_clampage_cote_2 continu
Hb_clampage_cote_2 continu
Qc_clampage_cote_2 continu
Examen_Echographique_clampage_cote_2 text
evenements_clampage_cote_2 oui = 1 , non = 0
evenements_clampage_cote_2_commentaires text
Heure_declampage_cote2 heure
second_lung_ischemic_time continu
FiO2_declampage_cote2 continu
PH_declampage_cote_2 continu
PAPS_declampage_cote_2 continu
PA _declampage_cote_2 continu
VT_declampage_cote_2 continu
PaCO2_declampage_cote_2 continu
PAPM_declampage_cote_2 continu
FC_declampage_cote_2 continu
Fr_declampage_cote_2 continu
PaO2_declampage_cote_2 continu
PAPD_declampage_cote_2 continu
NORAD_declampage_cote_2 continu
PEEP_declampage_cote_2 continu
Bicarbonates_declampage_cote_2 continu
NO_declampage_cote_2 oui = 1 , non = 0
Evolution_PAP_declampage_cote_2 diminution ou augmentation ou stabilité
SvO2_declampage_cote_2 continu
Lactates_declampage_cote_2 continu
Ic_declampage_cote_2 continu
Hb_declampage_cote_2 continu
Qc_declampage_cote_2 continu
Examen_Echographique_declampage_cote_2 text
evenements_declampage_cote_2 oui = 1 , non = 0
evenements_declampage_cote_2_commentaires text
Saigement_estime_declampage_cote2 continu
classification_bullage_2 0 = pas de bulles, 1 = Bullage minime, 2 = bullage modéré, 3 = bullage majeur
duree_bullage_2 < 20 sec ; 20 à 60 sec ; 1 à 3 min ; > 3 min
retentissement_ETO_bullage_2 oui = 1 , non = 0
retentissement_ECG_bullage_2 oui = 1 , non = 0
retentissement_BIS_bullage_2 oui = 1 , non = 0
Retentissement_hemodynamique_bullage_2 oui = 1 , non = 0
Problemes_survenus_VBP_2 oui = 1 , non = 0
Problemes_survenus_VBP_2_commentaires text
postoperative_ECMO oui = 1 , non = 0
only_intraoperative_ECMO oui = 1 , non = 0
ECMO_during_surgery oui = 1 , non = 0
ECMO_duration continu
CEC.1 oui = 1 , non = 0
moment_de_pose_ECMO induction = 1 , dissection1er cote = 2 , clampage1er cote = 3 , declampage1er cote = 4 , dissection2eme cote = 5 , clampage2eme cote = 6 , fin chirurgie = 7
cause_ECMO cause de l ecmo hémodynamique = 1 , hypoxemie = 2 , hypercapnie = 3 , rien = 0 hypoxemie+hypercapnie = 4 , hdm+respi = 5 , prophyactique = 6
pulmonary_reduction rien = 0 , segmentectomie = 1 , lobectomie unilaterale = 2 , lobectomie bilaterale = 3
adrenaline_perop oui = 1 , non = 0
FiO2_fermeture continu
PH_fermeture continu
PAPS_fermeture continu
PA_fermeture continu
VT_fermeture continu
PaCO2_fermeture continu
PAPM_fermeture continu
FC_fermeture continu
Fr_fermeture continu
PaO2_fermeture continu
PAPD_fermeture continu
NORAD_fermeture continu
PEEP_fermeture continu
Bicarbonates_fermeture continu
NO_fermeture oui = 1 , non = 0
Evolution_fermeture text
SvO2_fermeture continu
Lactates_fermeture continu
Ic_fermeture continu
Hb_fermeture continu
Qc_fermeture continu
Fibroscopie_fermeture text
Extubation_commentaire text
VNI oui = 1 , non = 0
Analgesie_post_operatoire text
Peridurale_fermeture oui = 1 , non = 0
PRDC_intraop continu
CEC oui = 1 , non = 0
ECMO oui = 1 , non = 0
FFP_intraop continu
platelets_intraop continu
NO_per_op oui = 1 , non = 0
NO_dependence oui = 1 , non = 0
cause_NO_dependance hypox 1 htpa 2 mixte 3
adre_end_surgery oui = 1 , non = 0
nad_end_surgery continu
Novoseven_fermeture oui = 1 , non = 0
estimated_blood_loss continu
Fibrinogene_fermeture continu
Cell_Saver oui = 1 , non = 0
Diurese_fermeture continu
fluid_support continu
Drains_D_fermeture continu
Drains_G_fermeture continu
Albumine 20% fermeture

Patient Postoperative

Colonne Unité Description Etendue Normalité
LOS_first_ventilation continu
LOS_total_ventilation continu
immediate_extubation oui = 1 , non = 0
secondary_intubation oui = 1 , non = 0
time_to_secondary_intubation continu
secondary_ECMO oui = 1 , non = 0
delai_recours_ECMO continu
Cause_ECMO_secondaire HDM = 1, respir = 2, MIXTE = 3
postoperative_vasopressive_support oui = 1 , non = 0
ACFA oui = 1 , non = 0
PRBC_postop continu
FFP_postop continu
Platelets_postop continu
CVA oui = 1 , non = 0
hemodyalisis oui = 1 , non = 0
tracheostomy oui = 1 , non = 0
reoperation_for_bleeding oui = 1 , non = 0
bleeding oui = 1 , non = 0
lower_limb_complication oui = 1 , non = 0
lower_limb_ischemia oui = 1 , non = 0
scarpa_complication oui = 1 , non = 0
vascular_complications oui = 1 , non = 0
thromboembolic_complication oui = 1 , non = 0
choc_septique oui = 1 , non = 0
cardiac_arrest_during_surgery oui = 1 , non = 0
LOS_ICU continu
LOS_hosp continu
in_hospital_mortality oui = 1 , non = 0
30_d_survival oui = 1 , non = 0
P_F_H0 oui = 1 , non = 0
PGD_H0 oui = 1 , non = 0
P_F_end_surgery oui = 1 , non = 0
PGD_end_surgery continu
time_last_PF continu
PDG_h24 0 = PGD<3 ; 1 = grade 3 ; E = ECMO ; NF = non fourni
PGD_h48 0 = PGD<3 ; 1 = grade 3 ; E = ECMO ; NF = non fourni
PGD3 0 = PGD<3 ; 1 = grade 3 ; E = ECMO ; NF = non fourni
date_de_deces date
Survival_days_27_10_2018 continu

Donor

Colonne Unité Description Etendue Normalité
CMV_donneur positif ou negatif
EBV_donneur positif ou negatif
Age_donor Int continu
Sex_donor Int homme = 1 , femme = 0
BMI_donor Int Indice de masse corporel du donneur 13 - 50 17 - 25
Poids_donor Poids du donneur. En Kg.
Taille_donor Taille du donneur. En cm.
Donneur_CPT continu
Tabagisme_donor oui = 1 , non = 0
Aspirations_donor aucune = 0 , mineur propre = 1 , moderee = 2 , majeur sales = 3 , NA = 4
RX_donor normale = 1 , minime = 2 , opacite <1 lobe = 3 , opacite > 1 lobe = 4 , NA = 5
PF_donor Le ratio p/f mesure la capacité d’un poumon à faire des échanges gazeux. Normal: >500, Insuffisant: < 300
oto_score Int

Target variable

La variable target est définie comme le succès de l'operation que nous essayons de prédire. Nous distinguons les cas suivants:

  • Succès A: le patient a été extubé immédiatement à la fin du bloc opératoire et n'a pas été réintubé par la suite. Cela correspond à l'opérateur logique:
Immediate_extubation = 1 AND secondary_intubation = 0

Succes B: Le patient n'a pas été extubé immédiatement à la fin du bloc opératoire, n'a pas été réintubé par la suite et est resté moins de 48h sous assistance, durée pendant laquelle il n'est pas décédé. Cette condition correspond à l'opérateur logique:

Immediate_extubation = 0 AND secondary_intubation = 0 AND LOS_first_ventilation < 2 AND Survival_days >= 2
  • Echec: tous les autres cas.

Variable Dynamiques

Le fichier clean/dynamic.csv contient les mesures prises chaque minute par les instruments de mesure lors de l'opération.

Pour chaque ligne, le patient et le timestamp de la mesure sont identifiés par :

Colonne Unité Description
id_patient id identifiant unique d'un patient
time HH:MM timestamp de la mesure

Les autres colonnes représentent les diverses mesures effectuées. Elles peuvent être subdivisées en 4 catégories :

Ces dernières sont détaillées dans les sections qui suivent.

Haemodynamic

Colonne Unité Description Etendue Normalité Commentaires
DC L/min Debit cardiaque. 0,5 - 10 2 - 5. < 2 anormalité
FC /min fréquence cardiaque 0 - 220 50 - 90 > 120 alerte
> 150 anomalie cardiologique
< 30 anomalie cardiologique
0 Arrêt cardiaque Si TAS effondrée
PAPdia mmHg Pression artérielle pulmonaire diastolique 0 - 65 14 - 35 possible 0 si absente
PAPmoy mmHg Pression artérielle moyenne 0 - 65 20 - 35
PAPsys mmHg pression artère pulmonaire systolique 0 - 120 25 - 40 > 50 danger
si valeur = ou > PAS s recours à une assistance externe
PASd mmHg Pression artérielle pulmonaire diastolique 0 - 80 35 - 60
PASm mmHg Pression artérielle moyenne 0 - 150 50 - 90 > 60 objectif pendant l'opératioin
< 40 sévérité de la situation
PASs mmHg pression artérielle systolique 0 - 320 80 - 140 < 70 sévérité
PNId mmHg Pression non invasive diastolique 0 - 80 35 - 60
PNIm mmHg pression non invasive moyenn 0 - 150 50 - 90 > 60 objectif pendant l'opération
< 40 sévérité de la situation
PNIs mmHg pression non invasive systolique 0 - 320 80 - 140 < 70 sévérité

Respiratory

Colonne Unité Description Etendue Normalité Commentaires
ETCO2 kPa CO2 expiré = marqueur d'équilibre général 0 - 10 3 - 5.5 <3 severite
>6 difficulté ventilatoire
ETCO2 (mmHg) mmHg CO2 expiré = marqueur d'équilibre général 0 - 10 3 - 5.5 <3 severite
>6 difficulté ventilatoire
ETO2 % Oxygène expiré 21 - 100 35 - 60 > 60 si besoin
FICO2 kPa Fraction inspirée en CO2 0 - 5 1 - 3 non informatif
FICO2 (mmHg) mmHg Fraction inspirée en CO2 0 - 5 1 - 3 non informatif
FIN2O % fraction inspirée en N20 0 - 60 0 Foch
FiO2 % fraction inspirée en Oxygène 21- 100 21 - 50 > 80 si oxygénation difficile
FR /min fréquence respiratoire 0 - 60 12 - 24 < 12 problème sévère
> 35 difficultés au bloc
FR(ecg) /min fréquence respiratoire 0 - 60 12 - 24 < 12 problème respiratoire
> 35 difficulté au bloc ne considérer que si colonne O absente ou = 0 source depuis l'Electrocardiogramme
MAC Concentration alvéolaire moyenne 0 - 3 1 - 2 0 si anesthésie intra veineuse
PEEPtotal cmH2O pression expiratoire positive 0 - 20 4 - 8 > 8 poumon pathologique
Pmax cmH2O pression maximale 0 - 65 25 - 40 > 40 poumon anormal
Pmean cmH2O Pression moyenne 0 - 40 8 - 25 > 30 poumon pathologique
Pplat cmH2O pression plateau 0 - 40 8 - 25 > 30 poumon pathologique
RR(co2) /min respiratory rate 0 - 60 12 - 24 < 12 problème sévère
> 35 difficultés au bloc
SpO2 % Saturation pulsée en oxygène 0 - 100 92 - 100 < 90 événement notable
< 80 événement grave
SvO2 (m) % saturation veineuse en oxygène 0 - 100 75 - 88 > 92 problable malposition du capteur
< 60 gravité sévère
VT ml volume respiratoire 0 - 900 300 - 450

Neurology

Colonne Unité Description Etendue Normalité Commentaires
B.I.S profondeur du sommeil index bispectral 0 - 100 40 - 60 > 70 mémorisation
< 40 sommeil trop profond
0 artefact si BIS SR 0
0 valeur à considérer si BIS SR>0
BIS SR % EEG plat 0 - 100 0 > 10 anormal
ET Des. % Agent sedatif 1 - 12 rarement utilisé dans la transplantation
ET Sevo. % Agent sedatif 1 - 6 2 rarement utilisé dans la transplantation
NMT TOF relaxation musculaire Train of For 0 - 4 0 - 1 0 voir colonne S
> 3 pour réveil possible
NMTratio % relaxation musculaire ratio 0 - 100 0 - 100 valeur si 4 à la colonne R
> 50% réveil possible

Temperature

Colonne Unité Description Etendue Normalité Commentaires
Temp °C température 0 - 50 34 - 37 > 38 infection débutante