RNA:

--CELL_BC_FILE $BARCODES
--INPUT_BAM $BAM
--OUTPUT $OUT
--VCF_OUTPUT $VCF_OUT
--VCF $VCF
--CELL_BARCODE_TAG CB
--MOLECULAR_BARCODE_TAG UB
--FUNCTION_TAG XF
--MAX_ERROR_RATE 0.05
--GENE_NAME_TAG gn
--GENE_STRAND_TAG gs
--GENE_FUNCTION_TAG gf
--TMP_DIR $TMP_DIR
--ADD_MISSING_VALUES true

ATAC:

--CELL_BC_FILE $BARCODES
--INPUT_BAM $BAM
--OUTPUT $OUT
--VCF_OUTPUT $VCF_OUT
--VCF $VCF
--CELL_BARCODE_TAG CB
--TMP_DIR $TMP_DIR
--DNA_MODE true"